一、義和團控制下的京、津
一九〇〇年五月以前，慈禧尚未必有與洋人一決雌雄之心，至多不過是想利用民間聲勢，使洋人有所畏忌，不再動輒相欺。四月下旬，義和團出現北京城內，五月中旬，公然張貼揭帖。約十天后，蘆溝橋一帶的鐵路、火車、電線被毀，洋人四名被戕，四名受傷。各國公使調兵來京。慈禧有感事態嚴重，二十九日及三十日命嚴拿首要，解散脅從，實力保護教堂、教民，斥滋擾的義和團為「拳匪」，「倘敢對仗抗拒，應即相機剿辦」。六月三日，又有兩道幾乎相反的命令，一是要裕祿對拳眾諄切勸導，不可操切，帶兵員弁毋得輕傷民命，啟釁邀功；一是要武衛軍統帥榮祿不得孟浪從事，率行剿辦，激成事端。五日及六日分派軍機大臣趙舒翹赴涿州宣撫，剛毅往保定曉諭，倘各軍藉端騷擾，即治以軍法。
此一重大轉變，原因有三：一為所謂天潢貴胄，師保樞密，如端郡王載漪、莊親王載勛、貝勒載濂、輔國公載瀾、軍機大臣剛毅、啟秀、大學士徐桐，皆抱與洋人不共戴天之志，「盈廷惘惘，如醉如痴，……大半尊奉拳匪，神而明之」，「均說拳匪是義民，怎樣的忠勇，怎樣的有紀律，有法術，千真萬確，……京外人心怎樣的一夥兒向著他們」，使慈禧不得不信。略明事理的榮祿、奕劻、王文韶雖知邪術萬不能成事，對外不可橫挑兵釁，但不敢強作主張，縱有諫阻，慈禧亦不之聽。二為武衛軍為直隸境內最大武力，右軍（袁世凱）已調往山東，左軍（宋慶、馬玉崑）駐山海關，前軍（聶士成）駐天津，衛戍北京的為後軍、中軍。後軍統領董福祥出身甘肅土匪，桀驁不馴，所部幾盡為義和團。中軍名義上由榮祿兼統，重要將領張俊與董本為同夥。載漪的虎神營，個個是義和團，載瀾又作了步軍統領衙門的總兵官。慈禧說「滿、漢各軍都已與他們（義和團）打通一氣，因此不敢輕言剿辦」，確為實事。三為公使團不俟許可，即召軍入衛。六月初，洋兵百餘人，進入使館，六百人開入天津租界，海參崴俄軍四千向天津出動。公使團要求增兵來京，覲見太后、皇帝，頑固派益振振有詞。六月九日，慈禧命董福祥部移紮北京城內，董揚言「已奉太后命，剿滅洋人，命義和團為先鋒，我軍為接應」。次日派載漪管理總署，自此都中人人謂拳團可以包打洋人。義和團大隊湧入北京，到處設立神壇，高懸「奉旨義和團練」、「義和神拳」或「助清滅洋，替天行道」旗幟，上至王、公、卿、相，下及娼、優、隸、卒，紛紛祈拜，如癲如狂。裕祿禮迎拳團首領，入天津督署，待以上賓，凡持義和團名帖者，無不延見，拳眾遇官弁坐轎騎馬，喝令下轎下馬，脫帽旁立，不從者則揮刀恐嚇，怒目相加，武衛軍望影走避。
董福祥軍入北京後，天津英、俄、德、法、美、日、義、奧八國海軍司令應公使團的要求，決再派軍二千餘人赴援。六月十日，由英國海軍提督西摩（Edward Hobart Seymour）率領出發。十一日，董部殺日本書記官杉山彬。十二日起，肆行焚燒教堂、教民住宅，以及經售洋貨的店鋪，火光燭天，通宵達旦，沿途喊殺，哭聲震天。十三日，教民被殺者達三百餘人，載瀾輩親督縱火，號稱繁榮之區的前門外，火勢尤猛，越城而入，延及使館所在的東交民巷鄰近，財帛精華所聚的北城，亦焚掠一空，十室九逃，北京成了恐怖悲慘世界。天津情形相同，電報局、海關署同遭搶毀，居民扶老攜幼，男女滿街奔避。洋兵不准進入租界，開槍射擊。十三日前後，因榮祿的婉勸，曾發布幾次剿捕解散義和團的上諭，慰問各國公使，然無絲毫效力。拳黨已控制北京，慈禧縱有心轉圜，已不可能。奕劻面告公使團，自認無力平亂。
二、慈禧宣戰
西摩率領的聯軍行抵天津西北十里的楊村，以鐵路毀拆，隨修隨行，勉強抵達京津中途的廊坊，義和團猛勇阻擊，不得續進。西摩初以為二千聯軍足可擊潰清方的任何抵抗，至是方知不似他所想之易。慈禧聽說洋兵又來，調聶士成軍回防天津附近鐵路地方，命裕祿攔截續到洋兵，大沽口加緊戒備。西摩被困之日，又有千餘俄軍到津，裕祿亦向大沽增防。大沽口外泊有外國兵船三十餘艘。六月十六日，各國司令限期交出大沽砲台。同日中午，慈禧舉行御前會議，到王大臣、六部、九卿一百餘人，反對與袒護義和團的兩派互相爭辯。反對派之一的總署大臣袁昶謂「拳實亂民，萬不可恃。就令有邪術，自古及今，斷無仗此成事者」。慈禧駁以「法術無足恃，豈人心亦不足恃乎？今日中國積弱已極，所仗者人心耳。若並人心而失之，何以立國？」遂命另一總署大臣侍郎許景澄等出京勸阻洋兵，榮祿派兵警戒東交民巷，如使館人員願去天津，可俟鐵路修復以後再定，可見尚無意攻擊使館，只希望洋兵不來。十七日上午八時，聯軍攻奪大沽砲台。下午三時，召開緊急御前會議，慈禧宣諭：「頃得洋人照會四條：一、指明一地，令中國皇帝居住；二、代收各省錢糧；三、代掌天下兵權。……今日釁開自彼，國亡在目前，若竟拱手讓之，我死無面目見列聖，等亡也，一戰而亡，不猶愈乎？」四條的最後一條，是勒令她歸政，她未便出口。有人謂這四條是出諸捏造，但亦非無因。丁韙良曾向公使團建議，為恢復中國秩序，第一，須令太后退隱，恢復皇帝的權力，由各國共同監督；第二，戊戌政變後的措施，一律作廢；第三，皇帝的改革計劃予以繼續，促其實現；第四，各國控制其勢力範圍內各省政府，均與慈禧宣布的大致相似。她之所以決定一戰，是由於洋人有迫她交還政權之說，寧肯亡國，亦不讓光緒恢復權力。她以為西摩的進軍，洋兵攻奪大沽，大舉增兵天津，皆是為了強制她退位。於是載漪輩眾口一詞地說：「非戰不可。」慈禧對大臣說：「今日之事，諸臣已聞之矣，我為江山社稷，不得已而宣戰。顧事不可知，有如戰之後，江山社稷仍不保，諸公今日皆在此，當知我苦心，勿歸咎於予一人，謂皇太后送三百年天下。」她亦知道「事不可知」，並無戰勝把握。只「因洋人欺負得太狠了，也不免有些動氣」，這是她事後的自白，榮祿告訴劉坤一等亦謂：「上至九重，下至臣庶，均以受外人欺凌至此極處，今既出此義團，皆以天之所使為詞。區區力陳利害，竟不能挽回一二。……且兩宮諸邸左右，半係拳會中人，滿、漢各營卒中亦皆大半，都中數萬，來去如蝗，萬難收拾。雖兩宮聖明在上，亦難扭回。」
奉命查驗義和團的趙舒翹對慈禧極口誇說他們的神奇。剛毅回京後（六月十八日），更向她張大其詞，並「裝出拳匪模樣，道是兩眼如何直視的，面目如何發赤的，手足如何撫弄的。……餘外王公大臣們又都是一處兒敦迫著我（慈禧），要與洋人拼命的，教我一人如何拿得定主意呢？」在十九日的會議中，慈禧表示她的最後決心，限各國公使於二十四小時內出京，命裕祿召集義和團，幫助官軍，抵禦洋兵，此於昨日聯軍受挫當有關係。二十日黎明，召見軍機大臣，宣布開戰。二十一日（五月二十五日）下宣戰詔，痛斥三十年來，洋人的種種鴟張，「欺凌我國家，侵犯我土地，蹂躪我民人，勒索我財物。朝廷稍加遷就，彼等負其凶橫，日甚一日，無所不至。小則欺壓平民，大則侮慢神聖。我國赤子，仇怒鬱結，人人欲得而甘心。此義勇焚燒教堂、屠殺教民所由來也。朝廷仍不開釁，如前保護。……彼等不知感激，反肆要挾，……公然令我退出大沽砲台。……平日交鄰之道，我未嘗失禮於彼，彼自稱教化之國，乃無禮橫行，專恃兵堅器利。……朕今泣涕以告先廟，慷慨以誓師徒，與其苟且圖存，貽羞萬古，孰若大張撻伐，一決雌雄。連日召見臣工，詢謀僉同；近畿山東等省，義兵同日不期而集者，不下數十萬人，下至五尺童子，亦能執戈以衛社稷。彼尚詐謀，我恃天理；彼憑悍力，我恃人心。無論我國忠信甲胄，禮義干櫓，人人敢死，即土地廣有二十二餘省，人民多至四百餘兆，何難剪彼凶焰，張國之威」。
宣戰書中所說多係事實，文字激昂悲壯，頗可同情。令人痛惜的為慈禧一任感情激動，罔顧時勢，不惜孤注一擲，公然對所有的外國宣戰，誠為古今中外絕無僅有之舉。
三、戰爭期間的地方與中央
北京城內是主要戰場。五月以後，外人紛集位於前門內的東交民巷使館區。六月中旬，義和團與洋兵屢次衝突，德國公使克林德（Von Ketteler）指揮洋兵攻擊。二十日上午，克林德被戕，下午四時董福祥軍與義和團數千人進攻。使館區的面積約四平方裡，內有十一國公使，男女四百七十餘人，防衛洋兵四百五十人，教民二千餘人，擔任修築工事。董福祥以為五天內即可將其夷為平地。六月二十四日，附近的翰林院、海關總稅務司署被焚。七月十三日，攻勢尤猛，至二十四日，洋兵死傷百人。由於榮祿的暗中庇護，慈禧的心情變幻無常，時而猛攻，時而停止，時而談判，時而饋贈食物。天主教教士、教民四千餘人集中的城西北堂（西什庫），防守的洋兵僅四十人，亦未能攻入。
另一戰場為天津。大沽砲台失陷的同日（六月十七），清軍及義和團圍攻天津租界，六月十九日，西摩部在廊坊戰敗東退，遭聶士成軍截擊，得俄軍援救，二十六日，返回天津，傷亡近十分之二。大沽方面的聯軍，先解天津租界之圍，繼佔機器局，攻擊天津城垣，武衛軍拒戰九日，聶士成壯烈身殉，馬玉崑撲攻租界亦敗。天津先遭義和團的焚劫，再經近月的劇戰，殘破不堪，七月十四日失陷。聯軍加倍兇殘，死屍累累堆積，房屋十毀八九。此後各國劃分佔領地界，「日、美兵最和平，英兵次之，惟德、法、俄三國兵鈔民無虛日，婦女被污者無數」。七月三十日，設置「暫行管理郡城廂內外地方事務都統衙門」，生殺予奪，任情而為。
宣戰前北京、天津已成拳團的世界，宣戰後直隸全境無處不在燒殺。洋人、教士大都逃避，教民多據寨以守，一被攻破，屠戮無遺。直隸之外，殺洋滅教暴動以奉天、山西、河南、湖南、浙江為著。六、七月之交，瀋陽、遼陽教堂、鐵路被毀，教士二十人被殺，延及其他州縣與吉林長春。山西拳團為新任巡撫毓賢一手製造，北京宣戰後，首焚外國醫院教堂。毓賢佯稱為便於保護，將教士男女老幼誘集太原，七月初，悉予處死。各州縣教士被害者一百七十八人。河南南陽教堂被圍，全省教堂大半被毀。湖南衡州有教士三人被殺。浙江衢州有十一人被殺。他如陝西、甘肅、雲南、四川、湖北均有類似之事。統計全國喪命的洋人教士約二百五十人，以英國為多，次為美、法、比、荷各國。教民家破人亡者當以千萬計。
慈禧宣戰之日，通諭各省督撫「保守疆土，接濟京師，聯合一氣，共挽危局」。重要督撫多為漢人，拒不受命，如兩廣總督李鴻章、兩江總督劉坤一、湖廣總督張之洞。拳亂之初，李無何表示，劉首請速剿，張立即贊同。英國恐俄國乘機漁利，尤恐長江流域發生事端，不僅予俄國以干涉口實，更損害英國的利益，希望中國秩序及早恢復，不使事態擴大；劉、張的態度與英國的希望符合。上海士紳及督辦鐵路大臣盛宣懷亦恐各國兵船分駛沿海沿江口岸保僑，一有衝突，大局瓦解，謀有所補救。六月十四日，上海英領事建議倫敦協助劉、張，維持長江地區治安，立獲批准，美、日同表支持。盛宣懷等所擬原則，為由劉、張與各國立互保之約，外國兵船不入長江，內地外僑由劉、張負責保護，上海租界歸外人保護。宣戰詔下，盛連電劉、張及李鴻章，請與各國訂明「剿拳匪，保教民，護商業，各不相犯」，「欲全東南以保宗社，須以權宜應之」。上諭有「各省撫聯絡一氣，保守疆土」之語，正可以之為據。劉、張初尚猶豫，恐朝廷不諒，經張謇、沈曾植分別解說，始毅然以行。請盛幫同上海道余聯沅與各國領事妥議辦法，並聯銜入奏，以示非背叛朝廷。六月二十六日，余聯沅與領事將《保護南省商教章程》及《保護上海租界城廂章程》草案商定。不久各領事得知有命各省誅殺洋人的上諭及德國公使遇害，發生異議。七月三日，劉、張聲明諸事照所議辦理。英國以劉、張既照規定履行，長江各省晏然無事，復以章程草案中對外國兵船停泊、水手行動有所限制，不願定為條約。德、法持同一態度，甚至唯恐天下不亂，所以互保協定，終未簽字。
南省初指劉、張治轄的五省，章程草案議妥後，浙江、福建相繼參加。李鴻章先已聲明自保兩廣，斷不遵奉所謂宣戰詔。山東巡撫袁世凱為剿辦拳匪最力之人，自與劉、張一致。四川、陝西、河南督撫亦均同意劉、張的主張，互保的區域實際上包有十三省。當一個國家的中央政府已經對外宣戰，地方當局仍獨自行動，與敵人成立「兩不相擾」的中立協議，等於獨立，無怪有人斥劉、張為「海外叛臣」。然亦因此使亂事未至擴大，黃河以南得免兵燹，否則不惟全國糜爛，野心國家勢必乘機進兵華中、華南，中國的瓜分將真正實現。
慈禧在矛盾的心情下，發動戰爭，滿望一舉而肅清在華洋人。不料以數萬之眾，區區使館竟久攻不下。尤其使她苦痛的為疆吏的抗命，無如之何，惟有降志低心，爭取他們的諒解。六月二十五日及二十六日，一再向李鴻章、劉坤一、張之洞解釋，謂「此次之變，事機雜出，均非意料所及。……團民在輦轂之下，仇教焚殺，正在剿撫兩難之際，而各國兵船已在津索大沽砲台」。「爾督撫度勢量力，不欲輕構外釁，……無如此次義和團，……京城蔓延已遍，……剿之則即刻禍起肘腋，只可因而用之，徐圖挽救。」希望李籌兵籌餉，勿再觀望。二十九日電命出使大臣將委曲情形向各國聲明，照舊保護使館，相機懲辦亂民，外債按期照付。七月三日分致俄、英、日、德、美、法國書，盼中外仍歸於好。但同一天，復命各督撫同力同心，「務將和之一字，先行解除於胸中」。六日獎勉義和團，賞內帑十萬兩。七月中旬，以李、劉、張等疊請保護公使，天津繼之失陷，命榮祿、奕劻商請公使移居總署。十九日，又謂保護公使，非為和議之地，命各督撫仍力籌戰守。所有這些命令，即使各督撫唯命是聽，亦無所適從。七月杪，派主戰的李秉衡節制前敵各軍，殺主和的總署大臣許景澄、袁昶【註：八月十一日，殺總署大臣徐用儀、聯元及內閣學士立山】。慈禧態度真不可捉摸。事後她說，拳匪「攻打使館，攻打教黨，……殺的搶的，我眼看不像個事，心下早已明白他們是不中用，靠不住的。但那時他們勢頭也大了，人數也多了，宮內宮外，紛紛擾擾，這時太監們連著護衛的兵士都真正同他們混在一起，……其勢洶洶，呼呼跳跳，如像狂醉的一般，全改了平日的樣子。……若不是多方委曲，一面稍稍的遷就他們，穩住了眾心，一方又大段的制住了他們，使他們對著我還有幾分瞻顧，那時紙老虎穿破了，更不知道鬧出什麼大亂」。又云：「我本來執定不同洋人破臉的，中間一段時期，因洋人欺負太甚了，也不免有些動氣。雖是沒攔阻他們（拳黨），始終總沒叫他們十分盡意的胡鬧。火氣一過，我也就迴轉頭來，處處都留著餘地。我若由他們盡意的鬧，難道一個使館有攻不下來的道理？」雖為自解，要為實情。
四、北京二次失守與東北初度淪陷
聯軍佔領天津之後，所以未即進兵北京，一以有鑑於天津戰役的劇烈，華軍的抵抗相當堅強，目前兵力不足，不可輕舉，致蹈西摩的覆轍。二以南方各省既然中立，如進攻北京，或將激起他們的反感，須先撤退內地的僑民，以防萬一。三以列強互相猜忌，俄、德、英均欲爭取領導地位，俄正以全力侵奪東北，英忙於南非洲戰爭，一時皆不能派出大軍。德軍尚在東來途中，美、法在東亞的駐軍無多，義、奧更不足道。可以而又願供給大軍的惟有日本，西方國家例示冷淡，至不得已時，始得英國的贊同，與他國的默許。
八月四日，聯軍出動，左翼日軍八千，英軍三千，美軍二千，右翼俄軍四千，法軍八百，奧、義軍各數十人，總計約一萬八千人。德軍以未能居重要地位，暫不參加。五日，聯軍佔北倉，敗宋慶、馬玉崑軍，此為一次大戰。六日，佔楊村，直隸總督裕祿自盡。九日及十日，佔河西務、馬頭，武衛軍幫辦李秉衡亦自盡。十四日，聯軍進入北京，使館解圍，計被圍五十五天。
一八六〇年洋兵第一次佔領北京，約十八天，為害尚不甚鉅。此次大為不同，為時長達十三個月，採取報復性的、有系統的搶殺。八月二十三日，德軍開始到達，月餘後德軍司令瓦德西（Von Waldersee）繼至，入據紫禁城，行為倍加殘暴。德軍約二萬人，日軍增至二萬二千人，俄、英軍各二萬人，法軍一萬五千人，美軍七千五百人，義軍二千人，比軍六百人，奧軍一百四十人，合計十萬有餘。義和團及清軍早已鳥獸散，商民已成為洋兵荼毒的對象，遇難者不可數計。「街上屍體枕籍，旗人多舉火自焚，或闔室雉經，大約禁城之內，百家之中，所存不過十室。」這是中國人的記述。「巍然之櫓接，……留者僅一二」，「街市毀失十分之二三，婦女任人凌辱。聯軍將校率軍士，公然大肆搶奪。金銀珠玉自不必言，此外書畫、骨董、衣服，以及馬匹、車輛等值錢之物，無論兵卒、平民所獲之數均屬不少。……城中各處朝衣朝冠之男屍，鳳冠霞帔、補服、紅裙之女屍，觸目皆是」。這是日本人的描寫。西人所記略同，頤和園的寶物，聯軍運往天津，累月不絕。
洋兵將北京分區佔管，俄軍界內，存者惟狗而已；法、義軍界內「觸目蕭條，幾無人跡」；德軍界內，慘況倍之，利瑪竇以來的天文儀器亦搬運一空；英軍界內，「雖有人煙，亦甚寥寥」；日軍界內雖「熙熙攘攘，往來如市」」，但戶部近三百萬兩的存銀，則全為所有；美軍界內「安堵如故，市肆全開，人心靜謐」。這次事變，外人遇害者約三百，中國人之死於洋兵的恐千萬計。
慈禧於聯軍進城的次晨，攜光緒狼狽向西北奔逃，抵懷來縣後，驚魂略定。她對知縣吳永哭訴禍亂經過，吳永留下了一部生動的記載【註：《庚子西狩叢談》】。又說逃出京後，「連日歷行數百里，……不得飲食，既冷且餓。……昨夜我與皇帝僅得一板凳相與貼背而坐，仰望達旦」。光緒蓬頭垢面，衣著不整，憔悴已極。在懷來停三日，續向西北逃亡，經宣化、大同，九月十日抵太原。沿途勒索供應。傳洋兵將攻山西，復自太原南去，十月二十六日到西安，鋪張益甚。其後南方各省接濟漸至，又恢復了她的豪華生活。
拳亂甫起，美國恐歐洲國家乘機瓜分中國，再三警告清廷。七月三日，國務卿海約翰照會列強，請仍承認能保護外人的地方當局為中國人民的代表，與之保持和好。各國應先拯救北京的外國官民，再使中國獲得永久安寧，保全中國的領土行政，保證各國的條約與公法權利，維護各國在中國的平等公正原則。這是門戶開放政策的補充。俄國決逞其大慾，軍事上單獨行動，外交上利用李鴻章。德皇威廉二世更是野心勃勃，克林德的被害，愈使他理直氣壯，鼓勵東來德軍盡力殺戮。為提高德軍的聲望，授瓦德西以聯軍統帥名義。英國為遏制俄國的擴張，一面聯絡美、日，一面與德國成立協定，互允開放勢力範圍，維持中國領土完整，實則同床異夢。
聯軍不時向天津、北京附近焚掠。瓦德西及二萬德軍，為一顯身手，十月以後，一路會同英、法、義軍進向西南，佔領保定，殺護理直隸總督廷雍，勒索贖銀十萬兩。冀南、冀中備受蹂躪。一路進向西北，佔領張家口。一路進向東南，至山東邊境。復與法軍屢攻山西，威脅西安。自一九〇〇年十二月，至一九〇一年四月，聯軍共出動四十六次，三十五次為德軍單獨行動。教民結隊成群，四處打家劫舍，聲言「奉命復仇」，所奉係外國教士之命。直隸官軍亦助洋兵教民攻打。
俄國久視東北為囊中物，年來積極築路築港，擅自駐兵，侵佔民產，凌虐居民。拳亂既起，俄軍十七萬餘分路進攻。七月十五日，北路屠黑龍江海蘭泡商民六千，璦琿、墨爾根、呼倫貝爾、呼蘭相繼失陷，黑龍江將軍壽山自盡。八月三十日入齊齊哈爾省城。西路經呼倫貝爾，越興安嶺，繼之而至。七月三十日，東路一支佔依蘭，一支陷琿春，會師哈爾濱，繼佔寧古塔，九月二十一日入吉林省城。八月四日，南路佔營口，繼佔海城、遼陽，十月二日入瀋陽省城。七十天內，東三省全部為俄軍所據，東北第一次淪陷。俄兵毒性殘忍，所至搶掠、焚殺、姦淫，齊齊哈爾為之一空，吉林省城百數十萬存款及軍火，盡歸所有，機器局拆毀，營兵繳械。瀋陽的營壘、機器、槍彈，一概被奪。璦琿城被毀，依蘭、琿春等城居民被屠，營口房屋大半被焚，沿南滿鐵路的鐵嶺、海城、蓋平，遍地屍橫，婦女被擄者不可數計。
五、自立軍與革命軍
南方督撫的中立，只是暫時不服從慈禧的命令，仍與保持君臣的名分。另有兩派與慈禧不並存的勢力，一派為謀恢復光緒的權位的保皇會，一派為根本否認滿清的統治的革命黨。
一八九七年，孫中山自倫敦重蒞日本。孫以康有為、粱啟超亦志在救國，過去曾與談過合作，至是與梁訂交。康昂然自大，視興中會為會匪，不屑同流，認為光緒必有復辟之日，計劃起兵勤王。梁少成見，頗為革命之說所動。湘人唐才常為譚嗣同的至好，矢言與慈禧不共戴天，此時亦來日本，出入於孫、梁之門。
慈禧陰謀廢立之時，孫、康、梁、唐均決定舉事，唐返上海，康去新加坡，梁赴檀香山。梁以孫中山在檀香山有他的影響力，行前對孫表示，仍望一致行動。孫雖知雙方合作不易，但終欲引梁入於革命之途，即為之介紹。梁抵檀香山後，宣稱保皇與革命，名異實同，宗旨無別，不過借保皇以行革命。於是檀香山大部分興中會員轉投保皇會。
唐才常一面聯絡上海知識分子，一面聯絡長江會黨，以湘、鄂的哥老會為主。康、梁所重視的為廣東，梁主先暗殺李鴻章，消除阻力，將來縱不能於北部（長江）得手，尚可於南部有所收穫。興中會亦準備全力謀粵，與保皇會的願望衝突。一九〇〇年三月，粱告康：「中山日日佈置，我今不速圖，廣東一落其手，我輩更何處發軔乎？」致書孫中山，謂用勤王名號，事半功倍。「倒滿洲以興民政，公義也；借勤王以興民政，則今日之時勢最相宜者也」，勸孫勿輕易舉動，怕的是他捷足先得。對於康，則勸他親臨前敵，破釜沉舟，成敗決於此舉，又言舉大事非合天下之豪傑不能為功，保皇會的作風每與「闊達大度，開誠佈公」八字相反，多抱「同門不同門之圈限」。梁本人又何嘗不然。
唐才常先在上海組織「正氣會」。拳亂發生，認為是千載一時之機，但未獲保皇會的全力支持，或係因為他非「同門」。唐不能再事等待，為便於號召，改「正氣會」為「自立會」，似係影射南省的自保，以期減少阻力。一九〇〇年七月二十六日唐在上海召開「中國議會」，宣布不承認清政府，聯外交、平內亂，保全中國自主，推廣文明進化。舉容閎、嚴復為正副會長。實際擔任聯絡會黨的為林圭、秦鼎彝、沈藎等，名日「自立軍」，定期分於湘、鄂、皖發難。有主起義後宣布民主，有主仍擁光緒，有主擁張之洞獨立。唐曾否與張接洽，不得而知，不過五六月間，西報已有革命黨人將在南方四省舉兵的消息，不論所指為孫或唐，張當有所聞。張與英國有自保之約，英國不欲長江一帶發生變故，哥老會又常有打教的行為、滅洋的口號。唐在漢口的機關設在英租界，張得英領事通知，謂南方哥老會、維新黨，與北方團匪相彷彿，準備為亂。八月九日，自立軍的一路在安徽大通舉事不成，二十一日，唐等被張逮捕處死，湘、鄂各地的自立軍俱歸失敗，先後遇害者二三百人。果如梁所說，「若一舉不中，則再舉難矣」，從此保皇會無類此之事。
一八九九年十一月，興中會鄭士良、畢永年邀約粵、閩、湘、鄂的會黨首領會於香港，別立「興漢會」，孫中山為總會長。唐才常發動之前，約孫同舉，應為誠意。在廣東活動的興中會以鄭士良、史堅如為首。台灣日本總督允於革命軍進抵廈門時濟以軍火，或係企圖相機佔領福建。日人宮崎寅藏遊說李鴻章與孫共謀獨立，未得要領。香港議員何啟亦請香港總督卜力（HA Blake）向李勸告。卜力雖頗有意，但倫敦不以為然，李更無脫離清廷之意。七月，孫至香港，擬入內地領導，以不得上岸，轉往台灣策應。十月七日，鄭士良於惠州附近發動，連破清軍於沿海一帶，眾至二萬人，進向閩南。不意日本新內閣總理伊藤博文決追隨各國，維持清廷，不准台灣總督援助革命軍。鄭士良轉戰半月，被迫解散。史堅如謀炸兩廣總督德壽不遂，慷慨就義，年二十一歲。自立軍與革命軍的失敗，均與外國態度有關。
六、辛丑條約
五六月間，盛宣懷、劉坤一先後請李鴻章領銜奏請剿辦拳匪，俄使勸總署召李北上，於是有六月十五日命李迅速來京的上諭。李主先定內亂，如有眉目，即行啟程。宣戰後各方對李繼續敦促，他以「無能為力」辭，實際上已與俄國暗洽，所采的是等待態度，一方面希望俄國予以支援。一方面迫使慈禧授以實權。他之不參加南省中立運動，可能是欲避親英之嫌，以保持慈禧與俄國對他的信任。七月一日電覆劉坤一，謂榮祿、奕劻尚不能挽回大局，他又有何能？「各國兵一二日抵城下，想有一二惡戰，乃見分曉」，大有弦外之音。三日慈禧請求各國調解，同時一再催李北上。八日，調為直隸總督、北洋大臣，官復原職。慈禧對他既然倚重，遂於十七日離粵，二十一日到上海，又停留不前，或係觀望聯軍行動。八月八日，慈禧因聯軍已越過楊村，北京不保為旦夕間事，授李為和議全權大臣。及北京失守，劉坤一兩電懇他北行，說是「大清存亡，惟公是賴」，「中堂（李）不到京不能會議，事局非惟難定，且慮各國改易初心。……惟公念四朝恩遇之隆，兩宮倚畀之重，同僚推許之切，天下仰望之殷，迅速北發」。八月二十日，慈禧下罪己詔，二十四日，準李便宜行事。九月八日的上諭，期望尤切，獎勉有加，謂此次禍變「罪在朕躬，悔何可及，……該大學士此行，不特安危繫之，抑且存亡繫之，旋乾轉坤，匪異人任」，不只是向李哀求，而且完全認過。八九月間，俄國表示自北京撤軍，希望慈禧歸來，和議速開。已到北京的另一全權奕劻，英、日相待頗好。九月十四日，李離上海，十九日抵天津，十月十一日抵北京，由俄兵衛護。
聯軍意見分歧，英、美、日為一陣線，俄、法為一陣線，德國自豎一幟，時左時右。談判之前，先須獲得內部協調，特別是對清廷的根本態度。俄國支持李鴻章與慈禧，英、德初有不承認李的資格之意，亦即不承認慈禧的政權。德國主先將重要禍首交出，再行開議。所謂重要禍首，第一個應為慈禧。此一建議，俄、法固然反對，英、美、日亦不贊成，怕的是清的統治瓦解，中國陷入更大的混亂。列強的矛盾衝突愈為擴大。再者經過這次事變，證明中國的民族意識極為強烈，以中國土地之廣，人口之眾，萬一中國改革真正成功，出現一強有力的政府，對列強愈為不利。最安全的辦法，為照舊保存無能而馴順的清廷，由列強監督控制，方可享受既得及將得的權益。任職中國四十年的赫德，力勸各國採寬大政策，勿作瓜分及改朝換代之想，在現政權之下，徐圖改進中外關係。本此原則，列強遂仍以慈禧的政府為交涉對象。此項決定，與南方督撫的態度亦不無關係。拳亂期間，新黨人物如張謇、何嗣焜、陳三立等，一面說劉坤一中立，一面勸他迎光緒南下，排去慈禧。劉謀之於張之洞，張不以為然。一因張曾同情變法，幾遭不測，恐畫虎不成，反被其禍。二因光緒無南下可能，如輕有舉動，勢必治絲愈亂。即令光緒得重掌政柄，彈冠相慶的將為康有為輩，亦非李鴻章、袁世凱所願。劉、張曾請慈禧勿去西安，早返北京。慈禧明白表示「如各國真心與中國和好，不奪我自主之權，不強我以必不能行之事，一有成議，自當即日降旨，定期回鑾」。所謂「自主之權」，與「必不能行之事」，即指歸政而言。劉、張既擁護慈禧，各國不得不審慎考慮。
十月四日，法國向各國提出和談建議要點，包括嚴懲禍首、禁運軍火、賠款、使館駐兵、拆毀大沽砲台、保持北京至海口交通。經各國商討補充後，製成一個大綱，十二月二十二日送交李鴻章、奕劻，聲言無可更改。二十七日，慈禧照允。關於禍首問題，李依俄國的勸告，先已奏請自辦，以示謀和誠意。慈禧所怕的是自己在禍首之內，焦慮悁栗，自言「我一日不見京電，便覺無措，然每日一見京電，喜少驚多，實令人膽怯」。如採取主動，或可獲各國諒宥，因先後將載漪等治罪。各國堅持，必須正法，若再袒護，禍將及身。一九〇一年二月二十一日，詔命將載漪、載瀾發往新疆，永遠監禁，載勛、趙舒翹、毓賢、啟秀等處死，已死的徐桐、剛毅、李秉衡追奪原官，撤銷卹典，董福祥革職，有干係的地方官被處死者一百餘人，湘、鄂、豫、浙、桂巡撫及盛京、黑龍江副統革職。
賠款為各國所重視的實際問題。德國要求七萬萬五千萬兩，俄、法以為多多益善。英、美、日認為須顧及中國的負荷力量，應酌予從寬。赫德建議以三萬萬兩為度，結果定為四萬萬五千萬兩（約六千七百萬英鎊），相當於中國五年的收入，百分之八十六歸於各國政府，餘為對民間補償。各國所得，超過它們的兵費實支及公私損失。原來主張減低賠款的美國，所得即多於實支費的一倍。至於賠款分配，俄國佔百分之二十九，德國百分之二十，法國百分之十六弱，英國百分之十一強，日本百分之八弱，美國百分之七強，義大利為百分之六弱，比國百分之二弱，餘歸奧、荷、西、葡。對於賠款的償付，俄、法主借外債，德國主提高關稅，美、日為了對華商務利害，均不同意，英國反對尤力，最後決定於三十九年內分還。年利四釐，合計九萬萬八千餘萬兩。加上各省教案賠款，及折合金價的損失，總數在十萬萬兩以上。擔保的財源，一為進口稅切實的值百抽五，及免稅的物品照徵後，償付舊有外債的餘款；二為常關【註：常關為中國在水陸要道及貨物集散地設立的稅關】所徵之數，在通商口岸的常關，歸海關管理（內地常關所入，解上海道轉交）；三為鹽稅全部。中國所有重要收入，除田賦外，盡用於償還賠款，每年實付之數為二千五百餘萬兩。上列財源不僅不敷，政府的他項開支亦無著落，仍須由各省攤派，每年為一千八百八十萬兩，主要出於田賦、附捐及鹽捐、貨物稅、營業稅。
賠款為對人民的直接壓榨，駐兵保護使館區及北京至海口交通為對政府的監視。使館區域較以往擴展數倍，計一千二百畝，界內歸使館管理，華人不准居留。駐兵數目約二千餘，日本四百，俄三百五十，德三百，英、法、奧各二百五十，義二百，美一百，築壘架炮，警衛森嚴，形同京師內的敵國。北京至海口駐兵的地點，為沿鐵路線的黃村、廊坊、楊村、天津、軍糧城、塘沽、蘆台、唐山、灤州、昌黎、秦皇島、山海關十二處。
其他事項，一為派遣親王及專使分赴德、日謝罪，並於德使被害及污損各國人民之墳墓處立碑，停止戕害凌虐外人城鎮考試五年，永禁仇外，如再有此類行事，地方官立即革職懲治。目的是使中國官民在心理上徹底屈服。二為禁止軍火進口，兩年內不准製造軍火材料運入。為的是削弱中國的抵抗力量。三為改總理衙門為外務部，班列六部之首，並改公使覲見禮節。為的是表示外交的重要。四為修改商約，疏浚北（白）河、黃浦江水道，前者係為增加關稅收入，償付賠款，後者係為便利外國輪船出入。
十二條議和大綱，十二月二十七日經慈禧照准。此後所談的為細節及實施事項。一九〇一年九月七日（光緒二十七年辛丑七月二十五日），李鴻章、奕劻與德、俄、英、法、美、日、義、奧、西、比、荷十一國代表簽字。十七日，聯軍退出北京，二十二日退出直隸，惟天津除外，直至一九〇二年七月十八日，清廷允聯軍照舊駐紮，自由操練演習，華兵不進入天津附近二十里內，直隸總督衛兵不得過三百名，砲台不得重修，城垣不得重建（已由聯軍拆除），大沽口、秦皇島、山海關等處不得設防等項條件之後，始行交還。其中操練演習一款，貽害最大。
慈禧逃亡到西安後，揮霍納賄如故，榮祿的貪黷與一般官員的酒食徵逐，聲色歌舞如故。聯軍退出北京後，一九〇一年十月六日，慈禧離西安回鑾。出亡時，一身之外無長物，此時裝載箱籠的車輛多至三千，所過修築御道，繕治行宮，「一驛之費，幾五萬金」。中途得知十一月七日李鴻章病卒，至為震愕。李以七十九歲高齡，身當此幕前未曾有的危局，憂思焦慮，肝病增劇，外人屢屢論及他的後任人選。山東巡撫袁世凱，年來頗獲外人好評，又握有實權，成了各方矚目的人物。李力疾簽訂和約後，自知不起，保袁自代。至是繼為直隸總督兼北洋大臣。慈禧離西安前，德國已提出大阿哥問題，抵開封後，即將大阿哥名號撤銷。十二月十一日，袁世凱電告「各國均無困我詞氣，且互有意見，不能協以謀我」。慈禧大為放心。十四日，離開封。一九〇二年一月三日，自正定乘火車北去，過保定略停，七日，還京。為示好外人，命榮祿致書各國公使，代為致謝保護宮掖，並由光緒正式在乾清宮接見，慈禧亦接見公使夫人。
天津、北京一帶為義和團的集中地，與洋兵有過兩個月的戰鬥。聯軍佔領之後，情況大變，天津民家門首皆插白旗，行人亦各持白旗，上寫「某某國戶人」，或「某某國順民、良民」。北京鋪戶爭先貼出「保護單」，各國佔管區居民紛向洋兵送「萬民傘」。「昔則挾刃尋仇，滅此朝食，今乃忝顏媚敵，載道口碑。」「京師及各省都會，其翻譯通事之人，聲價驟增，勢力極盛。於是都中之人，咸歆而慕之，昔之想望科舉者，今皆改而從事於此途。」但是不少百姓仍不斷抵抗。炸毀洋兵佔領的火藥庫，襲擊鐵路。仇外當然不可，媚外尤為可痛。對於國家民族的傷害，更甚於有形的賠款、駐軍。從另一方面來說，義和團的行為雖然愚昧，動機則不可一概抹煞。有識的外人亦承認「中國群眾含有無限蓬勃生氣」，「中國地方廣闊，民氣堅勁，殊非印度、南洋可比」。任何國家，均無法統治此佔有世界四分之一的人口。中國大夢將醒，已有「中國者，中國人之中國也」的覺悟。赫德謂今後各國對待中國，應尊重而不可卑視，協和而不可強制，同情而不可冷淡。中國終將成為強國。處理中國問題必須慎重，使中國將來感激而不致報復。但是一般外人的觀念不改，指此次事變是黃種人敵視白種人，中國人仇恨歐洲文明所引起。今後列強採取的政策，仍是利用清廷為傀儡，滿足各自的慾望，列強之間復爾虞我詐，變本加厲的侵略爭奪。
