一、紀綱隳壞
太平軍的宗教信仰、政治、經濟、社會政策與措施，無論反對者斥其如何怪誕詭譎，當清廷失去控馭、人心思變之秋，確能收一時煽惑脅制之效。而其初期上下一心，甘苦相共，領導人正當少壯之年【註：金田起事時，洪秀全三十七歲，馮雲山年與相若，楊秀清、蕭朝貴、韋正均在二十歲上下，石達開約二十歲，秦日綱二十餘，胡以晃三十餘】，朝氣蓬勃，實尤足多。中期之後，一切全非，卒至敗亡。外在的情勢轉變，固然有關，根本所在，為其自身的日趨腐化、惡化，喪失了淬礪奮揚之氣。
宗教對於太平天國的創建確有極大作用，然亦受了宗教之累。宗教為洪秀全羅致了不少狂熱的信徒，不惜犧牲一切以從，亦因此激起衛護名教者的反抗，招來了勢不並立的勁敵。他原是假宗教以愚人，沒想到竟至作法自斃。在前期，有天父下凡之說，結果演成自相殘殺；在後期，他仍強調諸事均有天父、天兄作主擔當，太平一統，即將到來。但何以久久未能實現，屢屢喪師失地？不惟一般人不再盲從，甚而他的高級將領的信心亦生動搖。而他本人似乎反陷溺愈深，極力使自己神化，一心依賴神力，忽視現實，失去理智，無異自愚。李秀成曾反覆言之。一八六〇年，再破江南大營之後，洪秀全「格外不由人奏，俱信天靈」，一味靠天，不肯信人。安慶行將不守之時，李勸他預防湘軍來圍天京，反大受責斥，說是「爾怕死！朕天生真命主，不用兵而定太平一統」，「殘妖易滅，功勳易成」。但太平軍之日暮途窮，則為顯然的事實，自欺而不能欺人。有人說他精神錯亂，亦可謂為執迷不悟。在如此領導下的軍政，尚有何希望？
經過天京的內訌，洪秀全偏信他的親族寵幸，任其胡作亂為，上下離心。李秀成勸他「擇才而用，定制恤民，申嚴法令，肅正朝綱，依古制而惠四方，求主禮而卹下，輕世人糧稅，仍重用翼王」，終不見聽。洪仁玕雖有才識，但乏功勳，到天京不滿半月，封為軍師、干王，要人悉歸其制，眾望不孚。曾國藩的幕僚趙烈文曾說，自洪仁玕執政，「諸宿將多不服，賊勢之衰，蓋由於此」。一八六一年，洪仁玕以援安慶失敗革職，朝政復歸洪仁發、洪仁達。李秀成見政情日壞，「屢俱本奏，天王不從，越奏越怒」，甚至說：「政事不與你相干，王次兄勇王（即福王洪仁達）執掌，幼西王出令，有不遵西王令者，合朝誅之。」幼西王為蕭有和，天王之甥，是一個十幾歲的黃口孺子。
濫封爵職為太平天國的另一致命傷。早期除東、西、南、北、翼王及燕王（秦日綱）、豫王（胡以晃）外，無其他王號。天京內訌後，洪氏兄弟首先封王，其次為陳玉成、李秀成，至一八六一年前期，仍僅十人左右。此後愈封愈濫，多至二千七百餘人，一因出於猜忌，採眾建政策，以分削宿將實力，李秀成的大將陳坤書之封護王，即為一例。一欲借名號以收買臣屬，但事姑息，不明賞罰。強有力者互不相下，「各守疆土，招兵固寵」，不顧根本，此為洪仁玕之批評。「黨羽無定數，酋長無定謀，……偽王……不甚服偽天王、忠王之調度，各爭雄長，苦樂不均，敗不相救」，「此王所踞之地，常為彼王劫掠」，此為曾國藩的批評。李鴻章亦說：「增封多王，內亂猜忌，愈散漫不可制。」左宗棠說：「賊中偽王……彼此猜忌，勢不相下。」李秀成認為亡國大誤之一，即在濫封多王。至其他爵職，亦大量增加。一八五七至一八五八年之間，新設義、安、福、燕、豫等爵號，「不及一年，舉朝內外，皆義、皆安」。洪仁玕曾感慨地說，大家「動以升遷為榮，幾若一歲九遷而猶緩，一月三遷而猶不足」，若「再隱忍姑息，我輩無生理」。主將初僅數人，其後至少數百。天將、朝將、佐將，更不可數舉。一八六一年，有一位到過南京的英國人說，天京幾全是公職人員，均為消費者，亦是破壞者。
後期太平軍紀律的惡劣，為無可否認之事。號稱治軍嚴明的李秀成，亦不能約束所部。一八六〇年，江寧李圭被虜，年餘後逃出，著有《思痛記》，記事尚能持平。據云：是年江蘇丹陽被李秀成部佔領後，「殺戮之殘，蹂躪之酷，無日無之。……弱者存活，十不二三。……行此事者，大抵湘、鄂、皖、贛等籍人，或流氓地痞，裹附於賊，或戰敗而降賊者。其真正粵賊，則反覺慈祥愷悌，轉不若是之殘忍也」。「賊亦令禁止騷擾百姓及劫掠衣物等，……顧賊眾奉行者少，而以清軍之降附者尤為凶殘貪暴。」又據江西高安縣志，「癸丑（一八五三）賊至，所擾惟典舖大家為甚。乙卯（一八五五）再至，惟以仇視官紳，苛勒殷富以售其黠，淫掠焚殺猶未甚也。至辛酉（一八六一）逆酋李秀成至，而禍斯極矣，分擾各屬，放手焚殺，恣意淫掠，各鄉勇男婦死者不下數千人，所過成焦土」。
浙江為太平天國晚期的主要轄區，兵戈連年不休。太平軍到後，人民流離逃亡，田畝荒蕪，耕種者不過十之二、三，粟、麥、油、鹽，搜索一空。加之釐捐局卡林立，抽剝重重，以至商賈斷絕，百貨騰貴。曾國藩說，以往百姓不待脅迫，「甘心從逆，樂為賊用，……今則民聞賊至，痛憾錐心」。「粵匪初興，粗有條理，……今則男婦逃避，煙火斷絕，耕者無顆粒之收，相率棄業。賊行無民之境，猶魚行無水之地；賊居不耕之鄉，猶鳥居無土之山，實處必窮之道，豈有久理？」「昔年粵匪所至，築壘如城，掘壕如川，堅深無匹，近亦日就草率。」外人亦言晚年太平軍，缺乏戰意，惟以燒殺破壞為事。
李秀成、李世賢的直接統治區，情況最稱良好，頗具條理，農民之田，以實種為準，五畝以下，免徵租捐。缺乏資金的商人，可向官請領本錢，或發給貨品，作定價格，售後還七成，留三成以供轉運，或定期還本，不取利息。蘇州、杭州一帶，市肆貿易如常。
糧食始終是太平軍的大問題，佔有南京的第二年，已有匱乏之虞，晚期許多城池，因之不守。有權勢的各王仍度其奢靡生活，大治府第庭園，競尚豪華，李秀成亦不例外。南京下關的英國副領事福禮賜（RJ Forrest）謂修建天京忠王府的工匠一千餘人，壯麗僅次於天王府。王冠為金製，鑲以珠寶。李鴻章謂蘇州的忠王府由七百人修造，三年尚未竟工，已是瓊樓玉宇，曲欄洞房，如神仙窟宅。花園三四所，戲台兩三座，為李鴻章平生所未見之境。浙江嘉興陳炳文的聽王府，磚瓦木石皆取之鄉鎮，用費出自田捐。江蘇金壇李世賢的侍王府，一座宮殿，可容千人。一位英國人說，南京無絲毫興盛氣象，絕不為人民設想，專恃劫掠為生，而又十分腐化，吸食鴉片及飲酒、賭博之風盛行。執掌朝政的蒙得恩，就是一個煙癮極大的人【註：據英國人說，在一八五八年，南京吸食鴉片的，已佔三分之一人口】。
二、全局瓦解
一八五七年翼王石達開的出走，關係太平天國的命運極鉅，不僅失去了一位有才能的軍事政治領袖，兵力亦因之大為削弱，安慶附近的駐軍隨之而去的約六、七萬人，江西省尤眾。估計太平軍的實力損失恐在一半左右。一八五九年，石達開自贛東經浙西、福建、贛南，西入湖南，擬進向四川，與湘軍劉長佑、李續宜劇戰於寶慶，遭受挫敗，改而南趨廣西。石部約二十萬人，以長江流域之人及廣東天地會為多，寶慶戰敗，軍心渙散，紛紛脫離。進入廣西之後，軍食不給，前途茫茫，士氣益為沮喪，或折而東走，或相繼敗亡，窮蹙已極。一八六一年，石率殘部約一萬餘人，再入湖南，取道湘、鄂邊地。翌年，進入四川東南境。四川地險民富，為清軍主要餉源之一。一八五九年，藍大順、李永和起於川、滇之交，北擾岷江流域，直逼成都，據有產鹽地區，聲勢頗大。石達開謀與聯絡。新任四川總督駱秉章率湘軍先至，藍、李屢為所敗，李不久戰死。一八六三年，石達開繞道滇邊渡過長江上游，經寧遠（西昌）北趨越雋，為大渡河所阻，遭土司與清軍夾擊，陷於絕境，全軍敗沒，石亦被俘。
一八六二年南京城外會戰。李秀成解圍失敗。翌年初，渡江西進，謀合陳玉成舊部與捻攻略皖北，期撼動湘軍大本營所在的安慶，並打通巢湖一帶糧源。以所部戰志不揚，無功而返。時逢青黃不接，餓斃不少。六月，自浦口南渡，復遭湘軍水陸截擊，損折十萬人，可謂慘敗。南岸太平軍所控制的僅餘蘇州、杭州、南京等城。
一八六三年七月，李鴻章的淮軍與常勝軍分路進向蘇州，戈登、程學啟為主將，配有大砲輪船，法國人訓練的洋槍隊，亦參加作戰。時白齊文以撤職懷恨，糾合舊部，投蘇州太平軍，仍不得意。九月，李秀成自天京回援蘇州，與幕王譚紹光反攻失利，白齊文降於戈登。十一月，太平軍內變，李秀成以事不可為，出城西去。十二月，納王郜永寬等殺譚紹光以降。程學啟入蘇州，誅郜永寬等。戈登大怒，與李鴻章決裂，不受節制，因為事前他與郜永寬曾有諒解，更憤李鴻章破壞了今後他的瓦解敵人策略。李部繼下無錫，進攻常州。太平軍鑑於蘇州殺降，堅守困鬥。一八六四年二月，戈登承英公使卜魯斯之意，續行參戰。卜魯斯對他說，這全是為了英國的利益。五月，戈登助淮軍佔領常州，戰事已近尾聲，常勝軍解散。四年以來，常勝軍用餉千萬元，有助於李鴻章的平定江南者頗大。浙江左宗棠部，自一八六三年四月起，圍攻富陽，日久不下。九月，德克碑率常捷軍自浙東來會，始行佔領。復經六個月的苦戰，翌年三月，杭州太平軍棄城而走，左部及常捷軍大肆搶掠。同月，李鴻章軍克嘉興，附近各城均降。
一八六三年冬，南京外圍附廓要地，幾盡為曾國荃攻佔。蘇州失守後，李秀成知大勢已去，南京無糧，兵力僅萬餘人，勸天王棄城他走，另求出路，確不失為上策。天王不從，說：「朕奉上帝聖旨、天兄耶穌聖旨下凡，作萬國獨一真主，何懼之有？……朕鐵桶江山，爾不扶，有人扶。爾說無兵，朕之天兵多於水，何懼曾妖乎？」命大家以「甘露」（百草）為食。城內盜賊蜂起，曾軍「日月逼緊，內外驚慌，守營守城，無人可靠」，不少高級人員通敵，甚至涉及李秀成。及常州失陷，洪秀全一切絕望。一八六四年五月三十日，令大眾安心，「朕即上天堂，向天父、天兄領到天兵，保固天京」。真可謂至死不悟，亦可說是尚在自欺欺人。兩天后，服毒自盡，年五十二歲。他的兒子幼主（天貴福）繼位。
圍城湘軍近五萬，自四月以來，百計環攻，傷亡達十分之一。淮軍既下常州，清廷為早日拔取金陵，命李鴻章派砲隊合攻。李知曾國藩欲使曾國荃獨成大功，托詞不行。曾國荃屢言所少不在兵而在餉。於是加緊開掘地道，七月十九日（同治三年六月十六日），炸塌天京城垣，湘軍突入城內，四處縱火，太平軍聲言，「弗留半片爛布與妖享用」。三日之內，「賊所焚者十之三，兵所焚者十之七，煙起數十道，屯結空中不散，如夾山絳紫色」。湘軍「貪掠奪，頗亂伍。中軍各勇留營者皆去搜括，甚至各棚廝役皆去，擔貨相屬於道」。及盡得金銀珍物，再放火滅跡。將領「人人足於財，十萬以上貲，殆百數」。「城破之後，精壯長毛除抵抗時被陣殺外，其餘死者寥寥，……城上四面縋下老廣匪不知若干。沿街死屍十之九皆老者。其幼孩未滿二三歲者亦被戮以為戲，匍匐道上。婦女四十歲以下者一人俱無（均被虜），老者負傷或十餘刀，數十刀，哀號之聲達於四方。」凡此均為曾國荃幕友趙烈文目睹所記，總計死者約二三十萬人。
李秀成護幼主衝出，中途相失，李被俘虜。曾國藩到後，命自書供詞，寫畢被殺，年四十歲，為太平天國留下一部有價值的史料。曾國藩謂幼主必死，實已逃至浙江。左宗棠方欲張敵勢，江西巡撫沈葆楨為爭餉事，與曾早有芥蒂，均語多鐫譏。中外復紛傳南京金銀如海，清廷初冀於克城之後，作軍餉賑濟之用，曾則謂全無財物。各方議論不已，爭指目曾國荃。曾國藩近年惟恐權位太尊，聲望太隆，功高震主，畏譏畏讒，至是，告誡乃弟謂「古來成大功大名者，除千載一郭汾陽外，恒有多少風波，多少災難，談何容易！願與吾弟兢兢業業，各懷臨深履薄之懼，以冀免於大戾」。他決心將所部裁撤，曾國荃亦開去浙江巡撫本缺，「軍氣憤鬱慘沮」。
天京陷落之前，李秀成以江、浙無糧，洪秀全又不肯放棄天京，改命各軍西入江西，得糧後再回援天京，就中以侍王李世賢、康王汪海洋兩軍為大。他們的口號是「與其餓死江南，不如戰死江西」。八月，困守浙江湖州的太平軍為李鴻章、左宗棠及常捷軍擊走，江、浙無太平軍踪跡。幼主與干王洪仁玕等，經皖、浙而西，期會同李世賢進向湖北，合扶王陳得才部。十一月，在贛東被擒。李世賢由贛而粵、而閩，十月佔領漳州及閩南諸城。左宗棠、李鴻章派軍前來，一八六五年五月，克復漳州，李世賢為汪海洋所殺。是後汪部出沒閩、粵、贛邊境，據有粵東嘉應，至一八六六年二月為左軍消滅【註：一八六二年，台灣天地會戴潮春等舉事，眾至二十餘萬，規模頗與太平天國相近，越二年失敗。一八六五年，餘黨再起，盛傳李世賢部將入海，並有美船偷運太平軍入台之說】。
扶王陳得才及遵王賴文光於一八六二年自皖北經河南入陝西，尋復東還，以英王陳玉成敗歿，李秀成命再西去，招兵回救天京。翌年，佔陝西漢中。一八六四年分路東下，合捻入湖北，知南京不守，徘徊於鄂、皖之間，為僧格林沁所敗，陳得才自盡，賴文光與捻合流，別創一新局面。
三、捻亂的擴大與平定
太平天國後期的軍事活動，限於長江下游，與兩淮的捻關係甚為密切。陳玉成、李秀成的早期兵力，半數為捻。一八五八年，捻首李昭壽背叛，對李的打擊殊重，張洛行等則始終與陳合作。捻的根據地原在淮河以北，是年進入河南、魯西，雖志在虜掠，亦予太平軍以聲援。翌年，分道四出，東至魯中，西至豫西、豫南，飄忽往來，乘虛蹈隙。一八六〇年，西支大掠河南開封，縱橫三十餘州縣；東支入山東，擾濟寧、泰安，所經二十州縣。復折返皖北，途中「夾擁資糧數百車，牲畜數萬，歌呼而行」。一八六一年，捻尤為活躍，西路為配合陳玉成軍的西征，二至五月，一支入河南南部，一支入河南東部、中部，經南陽、鄧州，破湖北老河口，然後返回亳州。九至十一月，再度西來，一支攻開封、鄭州、洛陽，一支攻湖北襄陽、樊城，東路入山東，屢敗自京畿南來的僧格林沁，兩逼濟南。僧軍「疲於奔命，芻糧不繼，士馬疲羸」，惟有守黃河，以固直隸。捻長驅而東，進至煙台，為英、法軍擊退。
同年（一八六一），山東白蓮教蜂起，魯南以宋繼鵬為首，稍後又有冀南的張錫珠。魯中的劉德培，似亦屬白蓮教。
一八六一至一八六三年，僧格林沁奔波於直隸、山東、河南、安徽四省。皖北太平軍失敗後，捻勢大衰。一八六三年，僧格林沁攻下雉河集，擒張洛行，繼平苗沛霖。張洛行的餘部由其侄梁王張宗禹及魯王任化邦統率，流竄河南境內，後合遵王賴文光。賴文光工於謀略，張宗禹富有機智，任化邦最為善戰，專採飄忽馳驅的運動戰術。
一八六一年以來，清廷恃黃、淮流域的主帥僧格林沁若長城，與長江流域的曾國藩儼然為兩大柱石，但彼此並不十分融洽。僧部為英、法聯軍敗後，拼集成軍，戰鬥力大不如昔，且毫無紀律，所過殺掠如洗，民間極為仇視。一八六四年九至十二月，與捻角逐的即為僧軍，捻屢敗僧於豫南、鄂東及鄂豫之間。翌年一月，又大敗於豫西魯山。三月，捻疾走魯、蘇之交，僧窮追不捨。五月十八日，全軍在山東曹州覆沒。捻本以行動敏捷勝，每戰先以遊騎四出，「偵官軍至，避走若不及。或窮追盡夜，乃返旗猛戰，以勁騎分兩翼抄官軍，馬呶人讙，剽疾如風雨，官軍往往陷圍不得出」。至是盡得僧軍的蒙古馬匹，如虎得翼。
僧格林沁敗死，華北震動，京師戒嚴。詔命曾國藩督辦直、魯、豫三省軍務，又命直隸總督劉長佑、天津通商大臣祟厚統洋槍隊，扼守直隸南境，李鴻章亦自上海派軍由海道增防天津。曾國藩以所部湘軍多為南人，不宜於北，且半數解散，須添募黃、淮一帶兵勇，增購戰馬，置備砲船，月餘後始行北上。他的戰略，第一改追擊為堵剿，以靜制動，分置四鎮，於河南周家口、山東濟寧、江蘇徐州、安徽臨淮關，各駐重兵，多儲糧械，一處有急，三處往援，將捻包圍在蘇、豫、皖邊區。第二為控制捻的根據地，於亳州、蒙城、宿州及有捻地區，修築墟寨，清查戶口，實行保甲連坐法，以拔除捻的來源，並絕其物資。四鎮兵力約八萬，三鎮由淮軍分任，接近南方的臨淮關歸湘軍負責，原因是淮軍多為北人，習慣適宜。
捻於殲滅僧格林沁軍後，折回淮北，補充休息。為突破湘軍、淮軍的大包圍，穿越河南，進入湖北，逼近武漢。一八六六年春，復入山東。曾國藩以四鎮圍堵無效，改採堤牆防河辦法，北自開封附近的八仙鎮，南至周家口，守賈魯河，朱仙鎮至開封挖河築牆以守，周家口至安徽槐店以迄正陽關，守沙河，此為西線。自正陽關東至臨河關，守淮河，此為南線。東線守運河，北線為黃河，將捻逼於山多田多的豫南、鄂北，以制其馬隊。是年秋，捻突破開封、朱仙鎮間的堤牆，東走山東，曾的防河戰略又告失敗。他亦知河防實難周密，惟以官軍馬隊遠不及捻，專恃步隊追擊，斷不能制，不得不出此下策。捻雖突破河防西線，但為東線運河所阻，返回豫東。
三年以來，捻屢戰屢捷，賴文光終感獨力難支，孤立難久，命張宗禹西進陝、甘，聯合回眾，以為犄角，自與任化邦留於中原，因有西捻、東捻之稱。曾國藩以督師年餘無效，復為言官所劾，奏請開缺。詔以李鴻章代為欽差大臣。賴文光率領東捻，再入湖北。一八六七年一至三月，屢敗淮軍、湘軍於鄂北、鄂東。曾國藩時代，對於淮軍的指揮已感困難，李鴻章繼任，湘、淮軍意見愈深。六月，東捻於八日之間，自湖北疾入山東，破運河堤牆，走膠東。李改守膠萊河，東捻返撲不利，精銳大喪。次年一月，賴文光被俘，東捻平。
西捻張宗禹，入陝西後，大破清軍於西安附近。因受湘軍劉松山及新任陝甘總督左宗棠部的壓迫，北走陝北。聯合回眾不成，東渡黃河，入山西、直隸，謀援東捻。一八六八年二月，逼近保定，北京為之震撼。捻「以走自活」，亦以走疲官兵。官兵十餘萬人，不能遏其竄越，各將領彼此觀望，縱勇擾民，「民仇兵甚於仇賊」。而且號令不一，直隸各軍統於左宗棠，左之外尚有兩位欽差大臣，山東各軍統於李鴻章，李之外尚有兩位巡撫，李、左之間復不協和。捻一度進至天津城外，尋南走山東，屢次撲攻運河。七月，連日大雨，直、魯之交，成為澤國，捻騎不能奔馳，為淮軍圍困於魯西北境。張宗禹投河而死，西捻平。
自一八六四至一八六八年，捻馳騁於安徽、河南、山東、江蘇、湖北、陝西、山西、直隸八省，傾湘、淮軍及數省兵勇之力，始予蕩平，雖由捻之善戰，實以官兵暮氣太重。淮軍為剿捻主力，驕逸亦為各軍之冠，所恃者實為西洋槍砲。捻亂平，太平軍方算全部消滅，自廣西舉事以來，首尾十九年。