一、耶穌會士的貢獻
東西海道大通後，第一位來東亞的基督教徒為耶穌會領袖之一的西班牙人沙勿略（St.Francis Xavier）。他於一五五二年抵廣東上川島，以明人對佛朗機印象惡劣，未能進入中國大陸，齎志以歿。葡人有了澳門，給耶穌會士若干方便。一五七九年義大利籍的羅明堅（Michael
Ruggiero）到達該地，越三年，西去兩廣總督所駐紮的肇慶，以報時鐘饋贈官府，以天文算學啟迪士大夫，改著僧袍，遵行中國禮俗，他是首先來中國內地的耶穌會士。不過真正奠立天主教在中國根基的則為另一義大利人利瑪竇（Matteo
Ricci，一五五二至一六一〇）。
利馬竇幼年在羅馬研習法律、天文、算學、物理、製造、地理，一五八二年抵澳門，翌年亦去肇慶，一切照羅明堅所為。他多才多藝，儀表談吐不俗，深知欲使中國人歸附耶穌基督，教士自己首須成為中國人，尤須從知識方面轉變中國人的觀念。他與羅明堅建造了一座教堂，陳列報時鐘、樂器、圖書以及印刷精美的書籍。最引起中國人的興趣的是世界地圖，和栩栩如生的聖母像。復手製日晷儀器，加以講說，更令人感到新奇，入教領洗的漸多。一五八六年羅明堅隨肇慶知府北上，取了一個中國姓名，此後每一來華教士莫不如是。他到過江西、浙江、湖廣、桂林，復回肇慶，再返歐洲，擬請教王遣使北京，以教廷多事，無暇顧及。
萬曆初年為來華耶穌會士的準備時期。其後利瑪竇前去韶州，易僧裝為儒服，於一五八九年至北京，因遭疑忌，改去南京，仍與縉紳交遊，名噪一時。一六〇〇年，再至北京，萬曆對他所進呈的報時鐘、西琴特別喜愛，許他留居。有了這個機會，利瑪竇本其一貫作風，講學論道，五年之間，信教者二百餘人，徐光啟（教名保祿Paul）、李之藻（教名涼庵Leon），均在其內。明季來華教士，「大都聰明特達之士，意專行教，不求利祿。其所著書，多華人所未道，故一時好異者咸尚之，故其教驟興」。眾教士之中，利瑪竇之功最大，開啟了西方文化輸入中土的先河，引起此後一百年中國人對西方學術的研究風尚。西教與西學並行。一六一〇年利瑪竇卒，萬曆欽賜葬地。
製曆授時，中國一向視為大政。明代所用的為參用回回法所製的大統曆，日久常有舛誤。利瑪竇去世之年，欽天監推算日蝕不驗，詔命曾從利瑪竇習曆象學的徐光啟、李之藻，與耶穌會士熊三拔（Sabbathin de Ursis），參與修曆，因之引起舊派的敵視。一六一三及一六一四年間，驅逐澳門葡人之議復起。南京的禮部侍郎沈㴶斥西士變亂曆法，誑惑人心，與澳門諸番通謀，陰圖不軌。以往萬曆帝的優容教士，由於喜愛鐘、琴，此時既涉及政治問題，自不能讓他們再留，各地耶穌會士均被解送澳門。
中國與西人初一接觸，即為其炮銃所震。當耶穌會士被逐之時，正滿洲努爾哈赤建元稱號之年，跟著大舉西犯。利瑪竇早已告訴徐光啟、李之藻，兵為國家大事，攻守器械，須新新無已，西洋砲銃奇巧，攻無不摧。至是以遼事急切，徐光啟請練兵自效，召葡人教炮、造炮，囑李之藻、楊廷筠（教名彌格Michael）派人赴澳門洽辦。一六二一年，葡兵百人，攜炮北上，中道被阻。同年瀋陽、遼陽失守，徐光啟再請購西炮，於是西士龍華民（Nicolas
Langobarde）、陽瑪諾（Emmanuel Diaz）入京，葡兵二十四人攜火器續至。一六二六年，明軍寧遠之捷，即得力於西洋砲。善製西炮的孫元化（教名依納爵Ignatius）曾參與是役。一六二九年，徐光啟復請練兵製器，召葡人攜大砲十尊北來。翌年，徐光啟再遣人赴澳門置辦，募葡兵、華兵。以葡人多所要挾，反對西教者，復謂西炮非不可用，惟須以白蓮教為戒，事遂不成。一六三六年清軍進薄北京，明廷命四年前入京的耶穌會士日爾曼人湯若望（Jean
Adam Schall von Bell）設局造炮，先後成五百二十尊。但潰決之局已成，新武器並未能挽救明的命運。
一六二九年，欽天監推測日蝕又誤，徐光啟依西法所推則驗，奉命開設曆局，延用西士。徐卒後二年（一六三五），新的曆書儀器全成，推測無不密合，貢獻最大的為湯若望。算學物理與天文曆法密切相關，利瑪竇首與徐光啟合譯《幾何原本》，復與李之藻合譯關於比例級數之書。物理方面，湯若望介紹光學，艾儒略（Jules Aleni）介紹力學，熊三拔、李之藻介紹水法。
天文曆法的傳入，增進了中國人對於時間的知識；地理學的傳入，改變了對於空間的觀念。自利瑪竇在肇慶繪刻世界地圖，中國人始知五大洲及地圓之說；到京進呈的貢品中，復有《萬國圖誌》。他如哲學、生理學以及繪畫，耶穌教士均有介紹。宗教書選述，自然尤多。一八二〇年有一位會士帶來典籍七千部，有如西域高僧之傳入佛經。
利瑪竇卒時，信徒約二千五百人。三十年後，達十萬以上，而以崇禎朝（一六二八至一六四四）為最盛。徐光啟嘗向崇禎進天主之說，湯若望出入禁中，亦屢以為言，宮中立有教堂。一六三六至一六四〇年間，后妃入教者三人，宮女七十八人，內監四十人，皇室一百十四人，各省無不有教堂教徒。南明弘光及隆武曾遣耶穌會士赴澳門求兵，為教徒瞿式耜（教名Thomas）所擁立，皇太后、皇后、太子均受洗禮。
約在一六三二年，有一位信奉西教最篤的浙江鄞縣人朱宗光，他寫過兩篇文章，一篇推崇西方文物軍政，一篇闡揚基督教義。在前一篇中，他說：「太西諸國原不同於諸蠻貊之固陋，而更有中邦所不如者。道不拾遺，夜不閉戶，尊賢貴德，上下相安，我中土之風俗不如也。天載之義，格物之書，象數之用，律曆之解，莫不窮源探委，我中土之學問不如也。宮室皆美石所製，高者百丈，飾以金寶，緣以玻璃，衣裳楚楚，飲食衍衍，我中土繁華不如也。自鳴之鐘，照遠之鏡，舉重之器，不鼓之樂，莫不精工絕倫，我中土之技巧不如也。荷戈之士，皆萬人敵，臨陣勇敢，誓死不顧，巨砲所擊，皆使堅城立碎，固壘隨移，我中土之武備不如也。土地肥沃，百物繁衍，又遍賈萬國，五金山積，我中土之富饒不如也。以如是之人心風俗，而鄙之為夷狄，吾惟恐其不夷也。」三百餘年前有此了解，洵屬難能。
二、西學西教的發展
明清交替之際，在南方的耶穌會士為支持南明的恢復運動而努力，留居北京未去的則轉而擁護滿清的新政權，頗得青睞。攝政王多爾袞到京後，限內城居民於三日遷出，俾八旗居住。湯若望奏稱，天主堂內存有新修曆書雕板、測量天象儀器，及禮器經典，不易搬移，儀器倘有損失，修正購辦亦多困難，請准西洋教士仍居原寓。多爾袞準如所請，另給上諭，加以保護。新王朝需要新時憲，多爾袞以湯若望的新曆法，合乎天象，「天運已新，允宜用此新法」。湯若望復面陳新法正確無謬，多爾袞即將所纂曆本頒行，命湯若望為欽天監正，這是以往西洋教士所未曾有，而為其後一百餘年他們所常任的職位。各地教士亦多賴湯若望之蔭庇。一六五〇年順治帝親政，湯若望的寵眷愈隆，不時獻替忠言，講說道理，歡洽有若家人，曾於京師賜地建天主堂，御書堂額，御製碑記。甚至太后與大臣商議大位繼承問題時，亦取決於他。耶穌會士希望順治成為中國的君士坦丁大帝。康熙初年，大臣輔政，湯若望因曆法舊派楊光先誣陷下獄，賴太皇太后之力得以釋免，一六六六年卒。
英明好學的康熙親政後，不僅恢復了西洋教士原有的地位，給予的渥待，且過於順治之時，為在華耶穌會士的黃金時代。一六六九年，以欽天監楊光先推測不驗，製器無方革職。授比利時籍的南懷仁以欽天監監副的職銜，負實際製曆之責，他是利瑪竇、湯若望之後的第三位傑出的耶穌會士。吳三桂亂起，南懷仁又奉命鑄炮，先後成六百八十尊。召見時賜坐、賜饌，禮遇之隆為滿、漢大臣所罕有。他歿於一六八八年，追贈禮部侍郎，予諡勤敏，派大臣致祭，此又為西人所未有過的殊榮。尋復遣官祭墓，稱道他「學擅觀天，克驗四時之序，識通治曆，能符七政之占【註：七政為日月五星】。非惟推步無差，抑且藝能兼備，鑄為軍器，較舊式而呈奇，用以火攻，佐中堅而制勝。恪恭不怠，奉職惟勤，術數咸精，造思獨敏」。御製碑文，尤念念不忘其「覃運巧思，督成大器，用摧堅壘，克裨戎行」的大功。三藩之役，滿清存亡所關，南懷仁所鑄大砲為清軍制勝的一大關鍵。接替他治曆工作的為閔明我（Philippus Maria Grimaldi），法國的耶穌會士白進（Joachim Bouvet）。張誠亦於此時攜帶天象儀器、書籍三十箱入京。
治曆、造炮為南懷仁受到寵眷的直接原因，康熙的濃厚求知欲，愈使彼此關係親密。他幾乎每日入宮，為康熙講幾何、代數。一七一三年，設算學館，選八旗世家子弟學習，兼及曆象、樂律。御製的《曆象考成》、《數理精蘊》、《律呂正義》，多采西說。
第一位服用西藥，相信西醫的中國帝王為康熙。一六九三年他忽發高燒（瘧疾），經張誠、洪若翰（Joannes de Fontaney）進以金藥（quinine），一服而愈；特於皇城內賜廣廈一所，並準於附近建築教堂。另一教士羅德先（Bernardus
Rhodes）治好了他的心悸症，被任為御醫。精通外科醫理的羅懷忠（Jaseph da Casta）在內廷行走。
第一部經過測量繪製的中國地圖，成於康熙之時。一六六五年以畿輔常被水患，命白進等測量，繪成地圖。一七〇八年又要他們測繪全國地圖，一七一七年完成。貢獻最大的，白進之外，有雷孝思（Joannes B.Regis）、杜德美（Petrus Jartoix）、費隱（Xavier
Fridelli）、馮秉正（JAMM de Mailla）、麥大成（Joannes
Gardaso），多數為法國籍。這部地圖即《皇輿全覽圖》，流行二百餘年。
在清初對外交涉中，耶穌會士頗稱活躍。一六八六年俄使到京請和，康熙曾命閔明我前往報聘。尼布楚條約的訂立，張誠、徐日昇斡旋之力實多。條約的正本為拉丁文，以後中俄文書往來亦俱用拉丁文，自然有賴於耶穌會士的翻譯。一七〇五年，命翰林院學習。時俄羅斯館已設置多年，俄國學生在館習滿文、漢文，八旗子弟習俄文。雍正時，中俄交往愈繁，於是別立西洋館，專攻拉丁文。
西洋教士既受優容，傳教大得便利。一六五〇年信徒已達十五萬，一六六一年約二十五萬，一六七〇年約二十七萬。康熙時，法王路易十四世的聲威方盛，法國耶穌會士開始來華，他們的影響與貢獻，非他國教士所及。但只許京師的西洋人自行其教，不准各省立堂入教。一六九一年浙江巡撫有禁止傳習天主教之舉。簽訂尼布楚條約的索額圖與張誠、徐日昇十分友好，賴他的運用，一六九二年，禮部會同大學士奏稱西洋人德性過人，近來管理天文算學、鑄造之器，隨同辦理中俄事宜，均著勞績。在各省居住的西人，亦無為惡亂行之處，並非左道惑眾，異端生事；各處天主教堂應照舊存留，凡供奉之人，仍許照常行走。奉旨依議。從此天主教可公開活動。十八世紀之初，教徒究有多少，不得而詳，有謂北京一處每年受洗幼童，不下四、五千人，如屬可信，全國每年入教者當有數萬人。
三、教士內訌
域外傳入中土的宗教，首推佛教為盛，次即基督教。佛教歷百年而始行，又百年而大昌。基督教的景教一派，唐時雖曾流行，但斷續無常，元以後中絕逾二百年。自耶穌會士到後，傳布的順利似過於佛教，主要原因為中國在政治、軍事方面有需於西方的科學、技藝。但是數百年來狹隘的華夷觀念，已根深柢固，衛道之士仍攻詆不已。教士內部的傾軋更是致命的打擊。
耶穌會士深知儒家權威之不可凌犯，對佛教則持排斥態度，指所言天地為不經之談。他們雖推崇孔子的克己，孟子的事天，對於道學或理學，則多有批評，謂理道為虛字，駁天即理之說，指宋儒妄為註釋。理學家反詆他們為「太極之亂臣賊子，素王之惡逆渠魁」。正宏獎理學的康熙對於耶穌會士的此種議論，當亦非其所悅。
中國歷史上的叛亂，往往與宗教迷信關連，元末白蓮教亂尤為著例。耶穌會士來華前後，葡萄牙人入居澳門，西班牙人併滅呂宋，荷蘭人寇掠閩、粵。明、清之際已有人說在華教士與澳門諸番通謀，假旁門左道，「窺伺中華，以待風塵之警」，攻擊他們「廣布邪黨，踞澳門為巢穴，接渡海上來往」，「立天主堂於京省要害之地，傳妖書以惑天下之人」，內外勾結。康熙初只允在京西人自行其教，不許傳布。一六九二年弛禁後，仍有人說教士離鄉背井，國君資以巨金，必有大欲。及教士內訌發生，教王直接干預，康熙的態度隨之而變。
教士的內訌，一是為了禮儀問題，一是為了教派競爭。利瑪竇認為中國所謂天或上帝，同於西教所謂最高主宰耶和華，中國的祭祀孔子、祖先、天地，並非偶像崇拜，當時他的同會教士已有人不以為然。與耶穌會士原有異見的多明我會士（Dominicans）、方濟各會士（Franciscans），屢欲來華活動，因耶穌會士及葡萄牙人的阻撓，不甚順利，遂乘機相詆，謂天與上帝不能與真主並論。祀祖、祭孔俱屬迷信。教王對此一爭議，態度忽左忽右，使問題不易解決。一六七一及一六七四年，方濟各與多明我會士得西班牙人的協助，來者日眾，耶穌會士亦將法國的力量引進，雙方縱橫捭闔。一七〇〇年，閔明我、張誠等特行奏陳，謂祀孔為敬其為人師範，祭祖出愛親之義，盡孝思之念，所設牌位，不過抒報本追遠，如在之意，郊天乃祭天地萬物根源主宰，亦即所以事上帝，御賜教堂「敬天」二字匾額，正是此意。康熙完全同意，說是合乎大道，敬天及事君親、敬師長為天下通義。耶穌會士佔了上風，反對派自不甘休。一七〇三年，教王格勒門第十一（Clement XI）任命了一位素不以耶穌會士為然的顏璫（Carolus
Maigrot）為遠東主教，次年制訂禁約，規定對天地萬物之主須稱天主，禁用天與上帝及敬天字樣，不許祭孔、祭祖，並派一年僅三十四歲的多羅（Carolus
Thomas Maillard de Tournon）為專使，東來執行。一七〇五年（康熙四十四年）至京，康熙頗加禮遇。次年，顏璫至，斥中國為無神之地，並涉及康熙，自大的多羅復發布教王禁約。康熙大怒，將顏璫發往黑龍江，多羅押送澳門看管（一七一〇年卒），傳諭在京西人，「今後如不遵利瑪竇的規矩，斷不准在中國住」。留住不去的發給印票，安居敷教，不得復回西洋。為使教廷明瞭一切，派艾若瑟（Joseph Antonious Prouana）往羅馬傳旨，另有與教王接近的兩位義大利教士德理格（Theodroicus Perdrins）、馬國賢（Matteo Ripa）上書教王，說明中國供牌及敬天兩事。羅馬久無音信，教王反再將禁約宣布，勢在必行。一七一六年，消息傳至中國，康熙召見西人，要他們必須遵守利瑪竇的規矩。
一七一七年，北京接得教王「奏帖」，僅云即差人復命。康熙再令俄人傳信羅馬，另以西洋字刊刻，分交來粵西洋人帶去，可見他盼望教王答覆之殷。又兩年，他對一位自福建來京的教士說：「以後西洋人來信，必先奏聞，毋得隱諱。爾眾西洋人內，如仍似前次各出己見，亂寄書信者，即係亂法之人，在中國亦無用處。除會技藝人留用外，其餘眾西洋人務必逐回。」一七二〇年，教王的第二次使節嘉樂（Carolus de Mezzabarba）行將抵京，康熙預囑在京的西洋人，如嘉樂問及行教之事，應公同答以「俱遵利瑪竇規矩」，不可各出己見。嘉樂到後，提出二事：一為准其管理在中國傳教西人；一為准中國入教之人，俱依教王禁約。康熙答以「教王條約與中國道理大相悖戾，爾天主教在中國行不得，務必禁止。教既不行，在中國傳教之西洋人亦屬無用。教王條約只可禁止爾西洋人，中國人非爾教王所可禁止」。他在二十九天之內，召見嘉樂六次，詳為解說供牌及稱天為上帝意義，並說「朕原視中外一家，不分彼此」。不久又派耶穌會士前往羅馬，但教廷不許他陳訴。中國一向以敬天法祖為訓，教王要一反其道，事關中國立國大本，倘果如此，無異要中國聽命於教王，康熙自難認可。
四、西教被禁與西學之衰
康熙所重的是西洋科學技藝，愛屋及烏，所以才聽耶穌會士行教。儀禮之爭發生，引起了他的反感，屢露禁教之意。一七一六年，他曾說：「海外西洋等國，千百年後，中國恐受其累。」南洋諸國之遭芟滅，應是殷鑑，教王之定欲干涉中國內政，提高了他的警惕。到了治尚嚴明，性復多疑的雍正，尤不容他人越俎，耶穌會士的捲入宮廷政治，更使他憎恨。他和他的兄弟允禟等為爭奪大權，各樹黨羽。管理北京南堂的耶穌會士穆敬遠（Joannes Mourao）和允禟接近，宗室中的蘇努父子亦與耶穌會士交好，暗助允禟。雍正繼位後，一七二三年（雍正元年）將允禟及蘇努之子發往西寧，穆敬遠隨行，他們仍未停止活動，遊說陝甘總督年羹堯，並用拉丁字拼音通信。一向為雍正策劃的閩浙總督滿保請將各省西人除曉通技藝者外，餘俱送往澳門安置，改天主堂為公廨，嚴禁入教。於是天主教被禁，但尚不嚴厲。第二年，教王班納十三世（Benedict
ⅩⅢ）的使節以賀祝新君即位為名到京。雍正告以如西洋人遵守中國法令，將照舊施恩。在京的耶穌會士亦懇求寬免逐回。雍正表示：「朕於西洋教法，原無深惡痛絕之處，但念於中國聖道無甚裨益，不過聊從眾議耳。若果無害，則異域遠人，自應從寬。」不久康熙派往羅馬的耶穌會士歸來，雍正得知教廷不許他陳訴，自感不懌，再度宣布他對宗教的看法，亦可略見他禁止天主教的原因。他說：「中外所設之教，用之不以其正，而為世道人心之害者，皆異端也。」「自古有不知敬天之人、不敬天之教乎？」「設教之意，未有不以忠君，孝親為本。」「至末學後人，敷衍支離，而生種種無理謬說，遂成異端。」「西洋精於曆法，國家用之，其善不可泯。」「今妄生疑議，以同己為是，異己為非，互相誹譏，幾同仇敵。不知人品類不齊，習尚不一，不能強異，亦不能強同，且各有長短，惟存其長，棄其短，則彼此可以相安。」此後，耶穌會士仍繼續前來，京師教堂照舊存在，欽天監的西人供職如故。
一七三五年，教王停止耶穌會士的在華工作，中國教禁亦日嚴一日。一七四六年乾隆有不准福建、廣東行教開堂之命；福建主教、副主教、教士遇害。自後三十餘年，教士、教徒被逮捕懲治者，時有所聞。
教士、教徒之受迫害，與反教者之常將天主教與白蓮教並舉，不無關係。嘉慶年間，教士不敢多所活動。一八〇五年有兩名在宮內供職的教士，私繪直隸、山東地圖，交人帶往廣東，擬送羅馬，中途截獲。詔以其居心叵測，將一干人犯發往伊犁，西洋堂總管治罪。一八一一年，對於在京當差的教士，大加限制，出入派人跟隨，餘俱令回國。一八一四至一八二〇年，主教一人、教士二人分別在成都、長沙、武昌正法，株連的中國教徒更多。
乾隆留用教士，以工於繪畫的義大利人郎世寧（Joseph Castiglione）為最知名，次為艾啟蒙（Ignatius
Sichelbarth）、王致誠（J.Denis Attiret）。乾隆自負的武功，多由他們繪成戰圖。圓明園內的西式建築，亦係郎世寧設計。園內有鐘房，自鳴鐘多至四千餘座，由西洋人擔任修理。對於西樂他同具興趣，所以亦有懂得音樂的教士出入宮中。
有人說明代晚期，耶穌會士被視為顧問，康熙時以學者、客卿相待，乾隆時則有如僕傭。在不違背道統、治統的原則下，康熙有使西人各獻所長的雅量。雍正雖然禁教，仍承認西洋曆法之精。乾隆所愛的為西洋玩好之物，而非科學。嘉慶時教士的地位更為低落，幾不易存身。道光時（一八三八）欽天監內的西人，為之絕跡。
西洋教士初以學術、技藝而為朝廷縉紳所重；雍正後，在上者既不之好，教禁愈演愈烈。同時文字之獄復日加殘酷；縱使利瑪竇復生，亦無以施其技，徐光啟再世，亦不敢從其遊。《四庫全書》雖收有西士譯述，而每有微詞，甚至指天文、推算、工匠製作為「誇詐迂怪，為異端之尤」，「所格之物，皆器數之末；而所窮之理，又支離神怪而不可詰，是所以為異學耳」。異端異學自不宜沾染。大儒如戴震有算學和製作智慧，而不克多所發揮；徐光啟的五世孫徐朝俊，承其家學，喜研數理，因恐涉「奇技淫巧之嫌」，不敢公開講求。其他「嗜奇之士，類多委諸例禁，置不敢言」。
禁教並未禁止通商，廣州的互市，繼續進行。商人志在謀利，難望與文化發展相聯繫。十八世紀以來，百餘年間，西方世界日新月異，科學、技藝的進步，思想、社會、政治的演進，空前所無。中國故步自封，孤陋寡聞，依然故我。彼此觀念距離極遠，利害更相逕庭，根本關鍵由於雙方欠缺了解。