一、民生經濟的凋敝
南京條約訂立後，進口貨第一為鴉片，第二為紗布，以其物美價廉，土紗、土布不能與之競爭。沿海一帶首先受到打擊。一八六〇年起，中國全部開放，進口激增。鴉片因中國內地栽植日多，進口漸減，紗布躍居第一位。九十年代紗布在每年進口的總值二萬七千萬兩中約佔一萬萬兩，較六十年代增加了八十餘倍。土紗、土布的生產銳退，不能自給，須以現金購買洋紗、洋布。現金大都為出售糧食所得，而糧食又常不敷自食，尤以貧苦的華北為然【註：華北每人耕地不足二畝，豐收時每年夏秋兩季產糧約二三百斤，全部所得，勉強可不受飢餓】。茶、絲原為出口大宗，八十年代以後，茶以印度、日本的競爭，出口開始下跌，九十年代末由佔出口總值的百分之五十四降至百分之十八。絲的出口，亦在減少之中。
甲午戰前外人已在各口岸設立工廠，戰後正式取得此項權利，包括船舶修造、紡紗、自來水、電氣、製茶、繅絲、製糖、打蛋、榨油、捲菸、造紙、製藥等，以船舶修造業為大。最大輪船公司為怡和與太古，九十年代共有輪船五十餘艘，招商局有二十六艘，往來沿海長江。海運完全取代了河運，運河兩岸城鎮隨之蕭條。依漕運為生者，大都失業，長江流域的船戶、水手、工人，同樣受到影響。最早通車的鐵路，如津榆線、津通線、蘆漢線北段，均在華北地區，舊有的交通運輸自蒙打擊。電報、郵政的開辦，亦使不少人的生計發生問題。
水旱饑饉的災難，亦以華北為甚。一八七七至一八七八年，晉、豫災情為數百年所未有。餓死者不可數計。黃河自一八五五年在豫東決口，由蘇北改道山東，奪大清河入海後，以河身逼仄，水流不暢，堤工草率，屢次漫溢。一八八七年九月，鄭州決口三百餘丈，南入賈魯河、淮河，豫東、皖北被害特巨。一八八九年一月，始行合龍，死亡百餘萬人，用款千萬兩。同年及一八九〇年，山東境內兩次潰決。一八九二至一八九八年，幾乎無歲不決。田舍漂沒，人畜死亡，山東災區達六十州縣，直隸為二十六州縣。一八八八、一八九〇、一八九二、一八九三、一八九六年，永定河連續潰決，決口自十丈至百餘丈，直隸災區達二十六州縣。一八九九年，直、魯、晉及蘇北復久旱不雨，糧價猛漲，貧者多賤價出賣子女。
人民苦痛加重的第三個原因為政府的搜括。政府的搜括由於支出的增多，財政拮据。財政拮据由於連年戰亂，宮廷揮霍，河工賑濟，以及舉辦新政所需，再加以對外賠款，一八九五年前，每年應付外債本息（賠款與貸款），約三四百萬兩，勉可負荷。甲午之役，軍費借款約一萬二千萬兩，對日賠款本息為二萬六千餘萬兩，皆來自借貸。每年應還二千三四百萬兩，須另行籌措。於是扣廉俸、增釐金、折漕米，土藥（國內所產鴉片）、茶葉、鹽、糖、煙、酒加稅，整頓田房契稅，勒令典當各商捐輸，仍然不能彌補。一八九八年發行「昭信股票」一萬萬兩，命官民領票繳銀，民間所存銀票不得不向銀鋪、銀號兌現，舖號猝無以應，以致倒閉，闔市騷動，商家納賄以求免。農民計田苛派，按戶嚴傳，不准稍減，否則鎖拿扣押，政府所得不過一千萬兩。據一八九九年戶部報告，每年息債（外債）、軍務、洋務（新政）各需二千餘萬兩，中央、地方經常所費約二千萬兩，合計近一萬萬兩，歲入為八千餘萬兩，不敷一千數百萬兩。詔命查核關稅、釐金、鹽課，限一個月內辦就，急若星火，特派軍機大臣剛毅赴江南、廣東督籌。其他各省均有增解，多係強令藩司、鹽運使、糧道認繳，中飽之數自然不少。
二、人心鬱憤與教案再起
天災、人禍為民不聊生的兩大因素，而以人禍為最。所謂人禍，一為官府的橫徵暴斂，二為洋貨的充斥。洋貨為洋人所輸入，徵斂與對外賠款有關。傳教士的所作所為，又常使人民感切膚之痛，因之怨毒多集於洋人。從中煽惑者多為地方士紳，群起而應者則為平民，認定洋人為一切禍源，掃除了洋人，中國即可太平。傳教士與教民首當其衝。
天津教案解決後，七十年代，四川、安徽、福建仍時有教民衝突之事。一八八五年，重慶教民向考生尋釁，考生死傷三十餘人，人民憤而搗毀教堂，中國反賠償二十萬兩。一八九〇年，川東大足余棟臣（余蠻子）起而領導打教，參加者以哥老會、鄉團為多，歷數三十年來洋人如何欺侮中華，傳教士的種種不法。
哥老會聲勢的增長，為十九世紀七十年代之事。湘軍中本多哥老會，「楚師十萬，無人不結盟拜兄弟」。太平軍及捻亂既定，湘軍解散，江、浙兩省不下十萬人，回籍後，多不能斂手歸農。稍後自陝、甘遣還者，亦以萬計，相繼入哥老會。川、滇軍事結束，兵勇裁撤十數萬，大都成為「袍哥」（哥老會）。湖北、江西、安徽之退伍者，紛紛效尤，傳習哥老會者無縣不有，由兵勇而及於無業遊民與鄉農，通財尚義，以「打富濟貧」相號召。余棟臣起事之年，江西、安徽、湖南哥老會的暴動，尚與傳教無涉，但是一八九一年，鄂、贛、皖、蘇及山東教案的不斷發生，幾悉哥老會所為。張之洞曾說：「長江口岸，匪黨佈滿，……上起荊、襄，下至武、漢以下，皆已聯為一氣。」打教滋事主之者為李鴻。李鴻為前被正法的江南提督李世忠（捻首李昭壽）之子，為報父仇，聯通哥老會焚燒教堂，不只是要為清廷製造對外的困難，而且準備攻取南京。鎮江海關稅務幫辦英人梅遜（C.W.Mason）為之招募洋人，購運槍械，事泄未成。同年有四川、雲南、貴州的叛亂。熱河金丹教（白蓮教的一支），眾至數萬，攻陷朝陽、平泉、赤峰等城，焚燒教堂，波及吉林。各國公使動輒聲稱將採聯合行動，最後是撤革官員、懲處人犯、賠償、撫卹，款悉出自地方。湖南候補道周漢素惡洋教，編撰文告、歌謠，繪製圖畫，刊刷流播。一八九三年，詔令查禁，周漢革職管束，但兩湖反教之事，依然不停。
一八九五年後，教士教民氣焰益高，民教衝突隨之轉烈，各國的態度，更為蠻橫。是年先有四川成都教堂被毀，繼有福建古田英國教士遇害。德使因德教士在山東兗州被毆，對總署百般恐嚇。一八九六年，蘇、魯之交又有多處教堂被毀。與教案無關的動亂，一八九二至一八九四年，屢起於湖南、江西、廣東、廣西、四川、雲南、河南。一八九五年的甘肅回亂，蔓延西寧、河州，頭目不一，各擁眾數萬，歷時一年七個月始定。廣西、廣東的天地會亦紛紛舉事。
一八九八年至一八九九年，列強在華的掠奪最為猛烈，國內動亂亦最為嚴重，遍及於滇、黔、湘、鄂、贛、豫、皖、浙、閩、粵諸省，而以川、桂、直、魯為甚。四川仍由余棟臣領導，於一八九八年再起，檄文中就社會、經濟、禮教、領土，指陳洋人的如下罪行：「海舶通商，耶穌傳教，奪小民農桑之生計，廢大聖君臣父子之倫，以洋菸毒中土，以淫巧盪人心。姦淫我婦女，煽惑我人民，侮慢我朝廷，把持我官府，佔據我都會，巧取我銀錢，小兒視如瓜果，國債重於邱山。焚我皇宮，滅我屬國。既佔上海，又割台灣，膠州立埠，國土欲分。自古夷狄之橫，未有甚於今日者。」此番興師，專為打教，不擾地方，「但誅洋人，非叛國家」，事成之後，日本軍費之賠償，昭信股票之派款，一概可免。余的黨眾約萬人，直接擾及地區為川東十餘州縣，間接受到影響的三十有餘。鄂西的「江湖會」（哥老會別支），亦假余的旗號而起，宜昌、湘西為之震動。安徽北部的白蓮教起於一八九九年，從者二萬餘。廣西天地會於一八九八年連陷數城，擾及廣東。某御史說他們為孫文的黨羽，軍械火藥為孫所接濟。又有人說，如一旦入湖南，順江而東，將成為第二個洪秀全。清廷命兩廣總督確查孫文踪跡，沿江沿海警戒，可見其張皇的一斑。其實廣西之亂與孫文並無關涉。
余棟臣的反教滅洋運動，性質與同時在華北萌動的義和拳甚為相近。四川通商口岸僅有重慶一處，長江上游輪船行駛困難，川人所受洋人的侵害尚不為大。四川又為多山腹地，向外聯絡發展不易，余的勢力僅限於一隅。起於華北的義和拳則情勢大異，終於釀成震撼中外的空前事變。
三、山東、直隸的義和團
山東民風剛強，向有「山東好漢」之稱，具有反抗精神的白蓮教，遍於城鄉，許多武俠小說以山東為背景。加之人口稠密，生計維艱，嘯聚滋事，時所不免，六十年代，所在蜂起。煙台開埠，洋貨湧入，漕運改道，黃河潰溢，山東被禍獨甚。山東為天主教士最早活動的區域之一，全省新舊教徒約八萬人，以魯西運河兩岸為多。一八八八年，德國取得了山東的保教權，教士愈橫，強佔田產，包攬詞訟，庇護歹徒，擅自收稅，重利盤剝，囤積居奇，勒索訛詐，人民為其魚肉，官府受其挾制。
一八九五年，日軍攻略威海衛，盤踞三年，登州、萊州一帶備受蹂躪。一八九七年，膠州灣及附近城池為德軍佔領。一八九八年，日軍甫去，英軍又來，山東南北兩港皆為外人所有。德國的勢力且深入堂奧，築路開礦。教士教民動輒傾陷某人毀謗洋教，或指某人為會匪，怵以兵威。一八九八年及一八九九年，魯南發生教案及德人被毆之事，德兵焚掠村莊，濫行屠殺，拘禁士紳，勒索賠款。一八九九年英國以肥城教案，亦索款佔地。德人復為修築鐵路而侵奪田畝、拆毀廬墓，人民抗阻，被德軍殺斃二十餘命。一九〇〇年初，衝突再起，官兵開槍轟擊，逮捕首要。德人聲言再度出兵，山東巡撫不得不與訂立築路開礦章程。英人以自勘威海衛界址，人民不服，亦曾發生相似事端。
反教或反洋事件，如要形成一個運動，定然有其組織。四川余棟臣之所以能有相當聲勢，得力於鄉團。鄉團本為民間保衛身家而設，其在山東，鄉團與白蓮教原不兩立。教亂弭定，地方治安仍賴鄉團維持，白蓮教徒散歸鄉里，漸行滲入。此輩大都練習拳棒，鄉團亦多工技擊。鄉團由士紳領導，憎惡教士、教民，白蓮教徒的信仰與教士、教民不能相容，與鄉團立場漸歸一致。鄉團大抵忠於官府，白蓮教徒亦由反清而反洋，遂至合流。白蓮教原奉彌勒佛為主宰，後漸雜糅道教成分，及其他迷信，支派不一，以「八卦教」的勢力為大，別有「天理」、「金丹」、「紅燈」教之分，成員以鄉農為主。八卦教所練之拳曰「義和拳」，一名「梅花拳」，各有神壇，自稱祈禱後降神附體，口誦咒語，金刀不入，槍砲不傷。
義和拳初流行於運河兩岸，為教堂、教民麇集之地，與教民時起爭執。李秉衡任魯撫時（一八九五至一八九七）目拳民為義民，傳習者日眾，有「大刀會」、「紅燈照」等名稱，揚言「不穿洋布，不用洋火，誠心用功，可避刀劍，可避槍砲，……興大清，滅洋教」，大清代表中國。李秉衡因鉅野教案受到處分，然為官廉正，魯人為之不平。魯西北冠縣民教互鬥已久，一八九八至一八九九年，延及數十州縣，義和拳之名大著。魯東南的反教事件亦所在蜂起，沂州一處多至數十案。魯東的阻止德人築路，亦有義和拳參加。冠縣教案擴大，清廷下令嚴查，巡撫張汝梅掩耳盜鈴，將義和拳歸入鄉團，名日義和團，無異認可其合法地位。
一八九九年春，暴戾無知的毓賢繼任山東巡撫，篤信拳眾多富神力，以禦洋人，必可大勝。拳眾氣焰愈張，到處毀教堂、殺教民，豎「傳神、鋤教、滅洋義和拳」紅黃旗。毓賢以為凡與教士、教民為難者，即係良民。九、十月間，魯北義和拳不服官軍彈壓，被袁世凱部擊散，知縣、營官因之撤職。總之，是年秋至次年春、夏之交，山東義和拳最為猖獗，魯北的中心為平原、德州，魯西北為臨清、東昌，魯東為登州、萊州、黃縣、平度、濰縣，魯西南為濟寧、兗州、曹州，魯南為沂州、莒州，魯中為濟南附近。
直隸南境毗鄰山東，一八九八年，義和拳已不時出沒。翌年十二月，袁世凱任山東巡撫，一面採取分化策略，勒令教民出教反教，釜底抽薪，以減少義和拳的滋擾對象，一面武力剿辦，擊潰義和拳的組織。勒令出教、反教，因煙台美領事的抗議，半途而止，武力剿辦則貫徹到底。訂立嚴禁拳匪章程，如有設廠教習，不分首徒，該管州、縣照縱匪例參辦；吏役、莊長、首事、地保分別監禁、正法；設廠之家，家產充公，習邪拳者，殺無赦。官民遇匪即開槍痛擊，但求境內無事，不惜以鄰為壑。拳團在他的大力鎮壓之下，相率北走，沿途發布揭示，謂「天主教並耶穌堂，毀謗神聖，上欺中華君臣，下壓中華黎民，神人共怒。……吾等俱練習義和神拳，保護中原，驅逐洋寇」。北京為外國公使的駐紮地，中華君臣直接受他們的欺侮，天津為距拳團最近的洋人集中地，中華黎民常遭他們的侮壓，因之拳團即以此兩處為目標，期一舉殲滅，根絕禍源，此或為拳團北去的更大原因。加以這時冀北亢旱，瘟疫流行，拳團乘機宣傳，將災害歸罪於教士、教民之不准敬天。駐天津的直隸總督裕祿庸懦畏怯，駐保定的按察使廷雍有意庇護，拳團遂由冀南而冀中，一路進向天津，會合靜海、獨流、永清一帶的拳民，一路進向保定，一九〇〇年五月，北及淶水、易州、涿州，以至北京附近的長辛店、豐台、黃村，殺傷教士、洋人、教民，焚燒教堂及教民房舍，抗拒官兵。
四、慈禧對拳團的縱庇
義和團在山東之得以立足，以至日益擴張，是由於近五年來歷任巡撫的有意袒護，放縱鼓勵；最後成為燎原之火，慈禧的態度為極大關鍵。年餘以來，慈禧對外人之同情變法，援救新黨，干涉廢立，認為是存心作對。一八九九年，各國暴橫之行，連續而至。除山東德軍外，有俄軍之圍困遼東半島的金州，殺傷皮子窩、旅順人民，英軍之驅逐九龍城中國官員，法軍之強踞廣州灣兩島，義大利之要索浙江三門灣，在在增加她的對外仇恨。中樞較有力量的人物，一派為巧滑的榮祿，庸鄙的奕劻，但事依阿固寵，見風轉舵；一派為悍愎的軍機大臣剛毅、啟秀，愚昧的大學士徐恫、端郡王載漪，只求一時快意，推波助瀾。
義和團的立場與慈禧的希望不盡相符，而仇洋反教的心理則一氣相通。慈禧初時所采的應付辦法，近乎兩面政策，取締之令甫頒，縱容之詔又下。一八九八年十一月，曾命對義和團加意彈壓防範；繼又謂山東保甲團練，紳民踴躍從事，應請求推行，以備緩急。十二月，申諭朝廷於民教一視同仁，地方官應隨時勸導，以杜爭端；繼又嚴飭各督撫認真辦理團練保甲。一八九九年四月，密諭毓賢對教案不可事事忍讓，亦不可稍涉孟浪；五六月間又屢命各省查保甲、練民團；十月，命毓賢於義和團撫綏彈壓。以上指示，對義和團庇護之意，實多於禁止。
各國公使對於山東情勢的發展，時在密切注視。一八九九年十一月及十二月間，美使康格（EW Conger）接連要求切實保護該省外人，最後堅請將毓賢撤職，改派幹練人員繼任，並調天津附近訓練精良的駐軍前往協助。於是袁世凱代替了毓賢。慈禧雖畏懼外人，仍欲利用義和團，再三訓令袁世凱不可操切剿拿，「倘辦理不善，以致腹地騷動，惟袁世凱是問」。前在魯北因剿拳而革職的袁部營官袁世敦（袁世凱之兄）之被逐回籍，即為對袁的警告。對於人民阻止德國築路事件，復諭以不可用兵，「致失國家團結民心本意」。
毓賢至京，極力揄揚義和團忠勇可恃，得有神助。慈禧召見時，賞以親書「福」字，旋授山西巡撫。載漪統帶的「虎神營」員弁，亦受到獎敘。「虎」、「神」與「羊」（洋）、「鬼」兩字相對，虎能食羊，神可制鬼。一九〇〇年二月，各公使因拳眾北進，要求速頒剿滅詔旨。慈禧無奈，十九日命直、魯督撫出示禁止「私立會名，聚眾滋事」，「務宜革除惡習，勉為良民。倘執迷不悟，即從嚴懲辦」。各使請將詔旨公佈被拒，始知事態嚴重，除電本國請兵外，各國軍艦猬集直隸灣示威，限總署於兩個月內剿除拳匪，否則將代為執行。四月十五日，雖將二月十九日詔旨公佈，但十七及二十一日，又各有上諭，一係通令各省，謂「鄉民設團自衛，保護身家，……果能安分守法，原可聽其自便，但恐其間良莠不齊，或藉端與教民為難，……〔應〕隨時曉諭，務使各循本業，永遠相安」。一係專指直隸，謂該省「有外來義和拳會，到處煽惑，……應切實開導，……止論其匪不匪，不必問其會不會，是在該督（裕祿）嚴飭地方官吏準情酌理，因應得宜，非朝廷所能遙制」，左袒之意，已十分顯明，五月一日且擬將拳民團練。朝廷如此，不僅裕祿任其橫行，慈禧的心腹，節制武衛軍的榮祿亦依違觀望。