一、變法要求的迫切
三十年來中國的新政，始終以海防為中心。經過長期經營，多以為縱不能抗衡西方大國，要足以與日本相敵，而事實證明大為不然。在此之前，已有人認為應改進政治制度，至是倡之愈力，甚至素謂兵為立國之本的李鴻章亦稱道日本各項政治日新月異，中國亦宜於此致力。他又指出中國人才無教，學非所用，偶然更置一二，並不能轉移大局。在他當權之日，尚不克大有作為，此時更不待言。翁同龢為光緒的近臣，對於新學西政，所知無多，但不失為有心之士，盡力啟導光緒的政治觀念，光緒十九歲時（一八八九），翁為講說聖賢治績，不必盡同，特進呈馮桂芬所著《校邠廬抗議》，謂為最切時宜，勸他留心洋務。一八九一年，光緒開始學習英文。一八九五年翁又以湯震的《危言》、陳熾的《庸書》進呈，並讀《泰西新史攬要》，翁盛稱他英爽精明。翁接觸過不少維新人物【註：如湯震、陳熾、黃遵憲、汪康年、江標、馬建忠、譚嗣同、楊銳、張謇】，頗賞識他們的才學，承認變法的必要。
這時疆吏中張之洞已代李鴻章為新派領袖，他雖採中間立場，而主變則一。他說：「圖救時者言新學，慮害道者守舊學；舊者不知通，新者不知本。」當本通並重，不變法，不能變器；倫紀、聖道、心術不可變，法制、器械、工藝則須變。以舊學為體，新學為用，西藝非要，西政為要。西政指農工商礦兵學【註：以上見張之洞所著《勸學篇》，一八九八年四月刊行，他的主張觀念，則由來有漸】。
一八九五至一八九七年，有關新政的詔諭屢頒，包括練新軍，設立地方學堂、京師大學堂、藏書樓、儀器院、譯書局、報館，選派遊歷，辦理礦務，廣設紗廠，置經濟特科。見之於實施的以袁世凱編練的新建陸軍，張之洞編練的自強新軍，盛宣懷創立的天津中西學堂、上海南洋公學為要。作全面推動的為十年來孜孜不懈的康有為。
德國奪據膠州灣是馬關條約後對中國朝野的重大刺激。一個月後，康有為再度展開活動，上書痛陳時局之危與變法的迫不可緩。謂三十年來西方專以瓜分中國為說，德國之奪膠州灣為開端，惟有下發奮之詔，明定國是，盡革舊俗，一意維新，以俄國大彼得為法。「若徘徊遲疑，因循守舊，則幅員日割，欲為偏安，無能為計。」
翁同龢身當對德交涉之任，與康有為有同感。給事中高燮曾奏請召見康有為，翁亦向光緒稱道康的才識。一八九八年一月十六日，光緒與軍機大臣論變法之事，意欲面詢康有為，恭親王默而不言，因改命總署大臣先行問話。二十四日，康和李鴻章、翁同龢、榮祿、廖壽恆、張蔭桓在總署相見。榮祿為慈禧的親信，首謂祖宗之法不能變。康謂「此地為外交署，即非祖宗之法所有」。廖問以如何變法，康答「法律官制為先」。李問六部是否可以盡撤，則例是否盡棄，康答一時即不能全改，亦當斟酌情形，逐步為之。進而詳述種種應行革改之事，謂日本維新，制度甚備，最易摹行。同日，詔命將康所著《日本變政記》、《俄彼得變政記》進呈。以後康如有條陳，即日呈遞，准其具摺上言，亦即給以對皇帝的發言權。翁將康在總署所言入奏，亟陳宜破格用人。
一月二十九日康上《統籌全局疏》，謂世界諸國，皆以變法而強，守舊而亡。變法須先舉三事：一為大集群臣，躬身誓戒，除舊佈新；二為設上書所，許天下士民上書，如所言可採，即召見擢用；三為設制度局，選通才主持，皇上每日親臨商榷施行。制度局為變法之原，應立法律、稅計、學校、農商、工務、鐵路、郵政、礦務、造幣、遊歷、社會、武備十二局。各省於每道設民政局選才督辦，每縣設民政分局，官紳會辦，舉行地方自治。以上諸事，均應定入憲法。此外當行者為遣親王大臣遊歷，大譯西書，遊學外國，提高俸祿，變通科舉，設銀行、行紙幣、印花稅，遍立各種學堂，購鐵艦、練民兵，一切取鑑於日本。復策動各省旅京人士，如福建的林旭，陝西的宋伯魯，四川的楊銳，山西的楊深秀等分組學會。此後兩月，各國的壓迫愈緊，愈堅定了光緒的變法決心，向翁索閱《日本國志》，有意以明治天皇為法。康為旅、大問題，倡聯英、日抗俄，梁啟超再合各省舉人上書，可說是第二次的公車上書。康開「保國會」，講保國、保種、保教歸之於變法。各省類似的自保會，繼之成立。一言以蔽之，變法維新的動機是為對外自保。守舊派雖加攻詆，光緒則謂「會能保國，豈不甚善？」
二、百日維新
維新派的要求如此急切，又獲得有力大臣翁同龢的相當支持與光緒的同情，聲勢似乎頗壯，但阻力亦屬不少。榮祿及軍機大臣剛毅，對康有為極為痛惡，飽經事故的恭親王態度消極。翁同龢以頻頻受劾，不敢積極主張。五月二十九日，恭親王卒，康促翁及時而行，翁反希望他離京，以避人言。康再作努力，為御史楊深秀、侍讀學士徐致靖草摺請明定國是，力行維新。光緒下了最後決心，以去就爭。他告訴慶親王奕劻：「太后若不給我事權，我願退讓此位，不甘作亡國之君。」慈禧允不過問。一八九八年六月十日，光緒命翁擬變法上諭，十一日正式頒布。略云：「數年以來，中外臣工講求時務，多主變法自強，……惟是風尚未大開，論說莫衷一是。……朕維國是不定，則號令不行，極其流弊，必至門戶紛爭。……用特明白宣示，各宜努力向上，發奮為雄。以聖賢義理之學植其根本，又須博採西學之切於時務者，實力講求，以救空疏迂謬之弊。……務求化無用為有用，以成通經濟便之才。」「百日維新」於是開始。
國是詔下，維新派為之歡騰。六月十六日，康第一次，亦為最後一次，見到光緒。君臣一致認為非盡變舊法與維新不能自強。康說，近年非不言變法，然只是局部的變，是變事而非變法。變法須先將制度、法律改定，三年可以自立。對於守舊大臣，不必黜革，但破格擢用小臣。有關變法之事，可特下詔書，使守舊大臣無從駁議。中國大患在民智不開，八股試士必須廢除，並論到籌款、築路、練兵、興學、譯書諸事。光緒對康本欲重用，為剛毅所抑，僅命在總署章京上行走，康不免失望。
在康策動之下，百日之內，變法的奏摺紛上，上諭日或數頒，大致可歸納為四類：
一為教育學術，這是維新派最重視的問題。國是詔發布之日，首命舉辦京師大學堂，派孫家鼐管理，節制各省學堂，所有書院、祠廟、義學、社學一律改為兼習中學、西學的學堂，省會設高等學堂，郡城設中等學堂，州縣設小學。獎勵私人興學，勸導海外華僑開辦。設翻譯、醫學、農務、商學、路、礦、茶務、蠶桑速成學堂。派宗室出洋遊歷，挑選學生赴東洋遊學。廢八股，鄉會試及生童歲、科考試，改試歷史、政治、時務及四書、五經，以講求實學實政為主。停止朝考，殿試後即可授職，定期舉行經濟特科。設譯書局，派梁啟超辦理。頒著書及發明給獎章程，命保薦精專製造、格致人才，印行馮桂芬的《校邠廬抗議》及張之洞的《勸學篇》。
二為經濟建設。康曾謂西人「以商賈滅人，民亡而國隨之」，中國必須講求富國養民之法，以工商立國。以往的製造企業為官辦，率多偷減，敷衍欺飾，今後應「縱民為之」。本此原則，詔命設鐵路礦務總局、農工商總局，各省設分局。廣設農會，刊農報，購農器，訂獎勵學藝、農業程序，編譯外洋農學各書，採中西各法，切實開墾。獨立開闢地利者，給予特賞。頒製器、振興工藝給獎章程，就各地物產設立工廠。各省設商務局、商會，保護商務，推廣口岸商埠。弛八旗經商之禁，命習士農工商。訂開屯徙戶，計口授田新章。
三為軍事。改練洋操，挑留精壯，裁空糧，節餉需，實行團練，裁減綠營，準備舉辦民兵。定興造槍砲特賞章程，籌設武備大學堂，武科停試弓箭騎劍，改試學科。
四為政治。最重要的為變革機構，提高效率，廣開言路。見諸命令的為刪訂各衙門則例，裁撤詹事府、通政司、光祿寺、太僕寺、鴻臚寺、大理寺，及湖北、廣東、雲南巡撫、東河總督，與不辦運務之糧道、向無鹽場之鹽道。其餘應裁文武各缺，均分別詳議趕辦。置京卿學士，期集思廣益。都察院接有條陳事件，立即原封進呈。准藩、臬、道、府專摺奏事，州縣官由督撫呈遞，士民上書，由道府代為進呈。改上海《時務報》為官報，創京師報館，準報紙臚陳利弊，據實昌言，一律呈覽。每年出款入款，分類列表，按月刊報【註：康有為想像中的與計劃中的新政尚多，如尊孔聖為國教，立教部、教會，以孔子紀年，定立憲，開國會，軍民合治，滿漢不分，皇帝親統陸海軍，改年號為「維新」，斷髪易服，遷都上海，以為新京。據他說，軍民合治以下諸事，已得光緒的同意】。
九十年代，列強在東亞，壁壘分明，何者應防，何者應交，應有所抉擇。英、日對於俄、德、法陣線極端不安，希望與中國結合。德佔膠州灣後，英、日開始分向劉坤一、張之洞遊說，日本更為積極。兩年以來，劉、張對俄的幻想已完全消失，以為英、日與中國利害一致，應與相結。一八九八年初，日本武官訪張之洞，力言中國聯交英、日的重要。復說譚嗣同、唐才常，謂中、日唇齒相依，中國若不能存，日亦必亡，甚悔從前交戰，願與中國聯結，救中國亦為自救。如中、日聯盟，再引英國相助，定可遏止俄國在東亞的侵略。日人新成立的「興亞會」，邀宴上海名士，謂白人「席捲六合，直注東邦，印度、緬甸、安南依次被滅，至今屹然為狂瀾砥柱，……以為亞洲剝極之復者，舍中、日其誰與歸？」聞者莫不悚然，欲與日本釋怨修好。
維新派對於聯好日、英的意見，初不盡相同；旅順事起，漸趨一致。康有為先向翁同龢進言，繼為兩御史草疏，稱「英真救人之邦」，日願相助，亦為真情。復撰《聯英日策》遍告朝野，主開旅順、大連，准各國通商。俄國公使警告李鴻章，如不許其旅、大要求，中俄盟約作廢。康再說翁同龢，謂以英、日抗俄必無害。光緒責恭親王及李：「汝等言俄可恃，與定約，輸以大利，今約期未半年，不獨不能阻人（德）來分，乃自渝盟索地，密約之謂何？」恭、李答稱：「若以旅、大予之，密約如故。」慈禧亦對光緒施用壓力。維新派之親英、日至為明顯。
三、新舊派的明爭暗鬥
康有為憑他一片熱忱與動人言論，一躍而起，以為只要獲得皇帝的信任，由皇帝獨斷，即可暢行其志。他不是不知光緒缺少真正權力，但畢竟是一國之主，慈禧或不致毫無顧憚。其實慈禧與光緒之間的嫌隙已深，一八九五年光緒革退接近慈禧的軍機兼總署大臣孫毓汶、徐用儀，慈禧亦革退擁護光緒的總署大臣汪鳴鑾、長麟，第二年又將翁同龢罷毓慶宮【註：光緒的讀書處】，使他們君臣不能經常相見。慈禧說不上有何政見，惟知攬權。有人說如果奉戴她來變法，她將不會反對，似屬可能，此可於同治朝及光緒前期的推行新政見之。現在光緒要爭取自主，表面上她勉事容忍，而內心益憤。國是詔頒發後四天，翁同龢革職，派榮祿署理直隸總督、北洋大臣，第二天以刑部尚書崇禮兼署步軍統領，分別掌握京師駐軍，控制首都。不久又命禮部尚書懷塔布、軍機大臣剛毅分管京營，對光緒均極不利。
新舊觀念的衝突為歷史的必然，實際的利害更為彼此的水火的主因。康有為本想透過他的學說來推動變法，絲毫不曾生效。衛道之士指《新學偽經考》惑世誣民，非聖無法，就是傾向維新的翁同龢亦斥為說經家的野狐，孫家鼐責他學術不端，心術可疑。《孔子改制考》亦遭到相同攻訐。湖南舉辦新政早於百日維新一年，地方士紳，詆南學會提倡一切平等為「禽獸之行」，時務學堂為製造無父無君之亂黨所在。北京方面有人說康想藉保國會做民主教皇，又有人說他聚眾滋事，圖謀不軌，還有人說各省自保，國家將從此分裂。國是詔發布九天，新派的御史參劾禮部尚書許應騤阻撓新政。許痛詆康有為居心不可測。舊派的御史謂變法勢將召亂，保國會徒保中國，不保清朝。這是新、舊派的公開鬥爭。
廢八股為變法第一大事，引起的反對亦最激烈。如果八股廢除「勢必觸數百翰林，數千進士，數萬舉人，數十萬秀才，數百萬童生之忌」，等於斷送了他們和現職官吏子弟的前程。次為興學堂，舊派雖不便逕行反對，但是此事連帶涉及改書院、廢淫祠【註：不在祀典之祠】，而把持書院及依淫祠為生者，固然痛恨，迷信多神的男婦，亦為之嘩然。至於裁綠營，及命旗人自謀生計，勢必使身無一技之長的百餘萬人陷於絕境。
開制度局關係變法的根本，六七月間，流言紛起，說是將盡廢軍機處、內閣、六部、翰林院、都察院、卿、寺、督、撫、藩、臬、司、道，內外震撼，奕劻、孫家鼐力阻。中央各衙門及疆吏對於新政上諭敷衍搪塞，甚或不加理會。光緒屢頒嚴旨，飭令於交議事件，迅速議覆，應辦諸事，限期執行，否則懲治不貸。復申誡各省督撫不得掩飾支吾，指名切責兩江總督劉坤一、兩廣總督譚鍾麟、直隸總督榮祿。
康以變法的進行不如理想，八月二十八日，再上一長達數千言的奏摺，極陳時變之急、分割之苦，新政變而不變、行而未行之無益，制度局不開，零星散雜之無裨。光緒決採猛進政策，八月三十日，裁撤詹事府六衙門，鄂、粵、滇三巡撫及所有冗官，不少人因之失官，紛請慈禧保全。九月四日，以禮部尚書懷塔布、許應騤及四侍郎阻撓該部主事王照上書，悉予革職，王照則不次擢升，舉朝為之錯愕。五日，加新黨楊銳、劉光第、林旭、譚嗣同卿銜，派為軍機處章京，參與新政事宜，掌握政治實權。又二日，撤李鴻章、敬信總署大臣差，舊黨益惴惴不安。
康有為力主早日開設議院，九月九日，詔置三四品卿，三四五六品學士，以期集思廣益。十三日，擬開懋勤殿，設顧問官以議制度。但情勢的發展，對新黨日益不利。康有為之弟康廣仁說他「規模太廣，志氣太銳，包攬太多，同志太孤，舉措太大，當此排者、忌者、擠者，盈衢塞巷，而上又無權，安能有成？」
四、慈禧的第三次政變
慈禧成竹在胸，著著部署，待機而動，翁同龢的開缺與榮祿的出任直隸總督為顯而易見之事。軍機處實際歸剛毅領導，總署仍是慶親王奕劻主持，接近維新派的張蔭桓遭受參劾。八月二十四日，上諭宣布慈禧、光緒定於十月十九日往天津閱兵。盛傳屆時將行廢立。舊派承慈禧之意，與榮祿密商。新派日夜憂懼，但缺乏武力。康請仿日本之制，立參謀本部，選勇士與不二心之臣，由皇帝自行統馭，但為情況所不許可。
袁世凱自朝鮮歸來，李鴻章派他會辦遼東前敵糧台。戰後他向督辦軍務處提出練兵計劃。一八九五年十二月得到李鴻藻、榮祿的支持，奉命督練天津小站的新軍。第二年為人所參，賴榮祿之力，方獲無事，可見他們的關係不同泛泛。袁亦不時奔走於翁同龢之門，百日維新行將開始之時，與翁深談時局，慷慨自誓，儼然是位愛國志士，這時他已升任直隸按察使。康有為以袁頗知外事，參加過強學會，使人和他聯結，袁表示對康極為欽佩，於榮祿則有不滿之詞。康信以為真，說光緒召袁來京，收備不測。
皇帝與近臣在懋勤殿議政並非創舉，光緒以為應無困難。九月十四日，向慈禧請示，竟未獲准，這是出乎他的意料之事。楊銳勸他對慈禧將順，不可固執，變法宜有次第。光緒賜以密詔，說是太后堅持不肯變法，自己權力不足，如操之過急，「朕位且不能保，何況其他？朕今問汝，可有何良策，俾舊法可以漸變，將老謬昏庸之大臣盡行罷黜，而登進通達英勇之人，令其議政，……而又不致有拂聖（慈禧）意。爾等與林旭、譚嗣同、劉光第及諸同志等妥速籌商，……候朕熟思審慮，再行辦理」。看來態度漸轉緩和。十六日召見袁世凱，擢授侍郎，專辦練兵。十七日，二次召見，命與榮祿各辦各事，暗示他可不受榮祿節制。同日，派康有為往上海督辦官報局，以去反對者的目標，密諭以此舉實有不得已之苦衷。十八日康與林旭、譚嗣同、梁啟超等共商，決定勸袁舉行政變。是晚譚嗣同訪袁，說以誅榮祿、圍頤和圓、保護皇上，以袁為直隸總督。袁答應將來光緒來天津閱兵時，即先於軍中殺榮祿。譚滿意而去。
李提摩太曾建議康有為延伊藤博文為政府顧問。八月初，有人奏請「借才」、「聯邦」，聘東西各國名士，畀以內政實權，特別指名伊藤。如與日本聯合，可長保太平之局，「即合為一國，亦不為怪」。九月中旬，李提摩太、伊藤博文接踵到京，又有人請光緒召見，宣示中、日和睦之誼，甚至用為中國宰相，因之盛傳伊藤將任軍機大臣或顧問大臣，舊黨益為惶悚【註：伊藤過天津時，自言光緒對他等待已久，榮祿在宴會上神色慘沮不歡，未遑終席，借事辭去。奕劻接見伊藤時亦表示冷淡，惟有張蔭桓熱誠招待】。
譚嗣同遊說袁世凱的同一天，康有為乞助於李提摩太，李再提出他的聯邦主張，中、日、美、英合而為一。接著楊深秀奏請趁伊藤在京，早定大計，團結英、美、日，實行合邦。御史宋伯魯奏請派李鴻章、康有為與李提摩太、伊藤商酌辦法。
新黨的武裝政變，尚需時日，合邦計劃尚待商議之時，舊黨已斷然行動。九月十八日御史楊崇伊請太后訓政。十九日慈禧自頤和園還宮，榮祿節制的董福祥軍入京，聶士成軍向天津集中。二十日上午，光緒第三次召見袁世凱，下午伊藤博文覲見，光緒謂中、日同在一洲，最為接近，當同心合力，親密國交，並問以對中國改革意見。伊藤答稱，日本天皇意亦相同，願與王大臣相商，均為慈禧在簾內聞見。二十一日慈禧宣布訓政，幽禁光緒，完成了她第三次政變。
政變的導火線多謂由於袁世凱的告密。據袁自言，他於九月二十日下午返抵天津，僅向榮祿略述內情，並說皇上聖孝，實無他意，但有群小結黨煽惑，謀危宗社，罪實在下。「第二天即政變之日，始對榮祿備述詳細情形。」即使如此。二十日下午所談，已足令榮祿明白一切。京津相去一百四十里，當晚榮祿定必將消息報告慈禧。政變如箭在弦，絕不能免，以袁的機警，自知何去何從。袁的兵力不過七千人，京津一帶駐軍不下數萬人，北京、天津皆榮祿掌握，不要說袁部難以開往北京，縱使於天津閱兵之時，採取行動，亦無懾服他的勝算。何況慈禧的威嚴猶在，中樞及地方要津幾盡為舊黨所據，毫無權力的光緒與僅放言高論的康有為輩，如何能和他們對抗。袁為自身利害，不僅不聽從新黨之議，冒此大險，且欲向對方建功。慈禧之所以於光緒第三次見袁及會晤伊藤後的次日實行政變，可能是顧慮萬一袁果有舉動，日、英果有表示，將不易應付，遂當機立斷。
政變之後，慈禧除將光緒幽囚外，一為懲治他的政敵，二為推翻新政。她所欲得之而甘心的康有為，已於政變前一天出京，因李提摩太及上海英領事之助，南走香港。梁啟超、王照得日本公使林權助及伊藤之助東渡日本。譚嗣同自願為主張犧牲，與楊深秀、劉光第、楊銳、林旭、康廣仁、張蔭桓被逮。張以日、英使營救，與禮部尚書李端棻遣戍新疆，餘俱於二十八日被殺，是為「戊戌六君子」，其他新黨人物獲罪者尚多【註：徐致靖（禮部侍郎）父子下獄，陳寶箴父子、宋伯魯、張元濟、黃遵憲、熊希齡、江標、王錫蕃（禮部侍郎）、文廷式拿問，張百熙（廣東學政）革職留任】。
策劃政變的榮祿內調為軍機大臣，仍節制北洋各軍，操軍政大權。被光緒革罷的懷塔布等，一一起用，被裁撤的職官，照常設置。復八股舊制，停經濟特科，禁士民上書、結會，撤農工商總局。百日維新期間所宣布的新政，除京師大學堂外，一概推翻，一切恢復舊觀。
百日維新期間，英、日與俄對立，政變後俄國為勝利者。九月二十七日，各國公使在俄使館會議，英、日公使不至。自英東來的英國議員貝思福曾晤康有為於香港，十月四日到上海，三次與伊藤博文商談英、日、美、德同盟。北上後，訪奕劻、榮祿、李鴻章，願派將弁代練陸軍，他們同意先由張之洞在南省辦起，以免與俄國在華北衝突。貝思福旋去天津，晤袁世凱。最後致書美國國務卿海約翰，主英、美在華合作。伊藤亦曾訪張之洞、劉坤一，諒不外為防俄。
政變後圖謀廢立愈急，先製播康有為毒殺光緒的消息，繼改說光緒久病，中外盛傳他已不在人世。劉坤一勸奕劻不可輕舉妄動，否則「人情危懼，強鄰環視，難免借起兵端」，這是內在的有力警告。英公使竇納樂亦謂如果光緒於此時去世，將為各國所不諒，後果異常嚴重，這是外來的有力警告。奕劻極力解釋，允由法國使館醫生入診，事後醫云光緒僅是身體虛弱，無大病症，但是廢立的陰謀絕不因此中止。十二月將駐紮近畿的聶士成、董福祥、宋慶、袁世凱四軍及添募的一軍合編為「武衛軍」，仍歸榮祿統轄。舊曆新年前後，一再宣佈光緒尚未痊癒，並由榮祿再試探劉坤一的態度。劉稱「君臣之義已定，中外之口難防」，請榮祿考慮，慈禧不得不暫為從緩。
梁啟超到日本後，發刊《清議報》，醜詆慈禧。康有為於一八九九年七月，在加拿大組織成「保皇會」【註：全名為「保救大清皇帝會」，一稱「中國維新會」（Chinese Reform Association）】，頌揚光緒，慈禧恨入骨髓，必去光緒而後已。十二月，召劉坤一來京，使不能再行阻撓。李鴻章亦不以廢立為然，謂光緒的罪不明，倘貿然從事，各國必先抗議，各督且將仗義聲討，不妨先立太子，徐俟機會，慈禧採納了他的意見。一九〇〇年一月二十四日，立端郡王載漪之子溥儁為同治之子，滿語曰「大阿哥」，是為「己亥建儲」，傳說將於庚子年（一九〇〇）即位改元。詔發後一日，上海紳商經元善、章炳麟、蔡元培、唐才常等一千二百餘人通電反對，海內外紛起力爭。各國雖無何表示，但英人對於拿辦經元善之事則多方阻撓，慈禧無如之何，緝捕康、梁更不可能。