咸豐、同治兩朝，可謂多事之秋。除縱橫南北的太平軍，出沒黃、淮流域的捻與白蓮教及遍擾兩粵、閩、台的天地會外，僻遠地區的西北、西南亦叛亂疊起，先後二十年，無一不直接、間接與太平軍相關，或多或少受到太平軍的影響。
一、貴州的苗與教
貴州漢、苗交錯，地瘠民貧，歲賦所入，僅當浙江一大縣，官祿兵餉多仰給他省。苗性強悍，素稱難治。改土歸流後，官吏貪暴，一切供應力役，悉取之於苗民。漢人復侵奪其地，重利盤剝，苗民生計陷於絕境，以致鋌而走險。嘗謂：「吾輩不知何者為反，以兵來則戰，以好來則撫，飢則掠，怒則殺耳。吾不擾官，官乃擾吾，惟有強者勝耳。」此為苗疆多事之主因。以往官府所恃的是武力鎮壓，太平軍起，部分戍軍他調，協濟餉銀不至，治安遂不克保。此次事變，通名為苗亂，其實苗人之外尚有夷人、回人，及更多的漢人，不過首先發難，勢力最大的則為苗人。
一八五五年，苗亂起於黔東，張秀眉為首。漢人領導的白蓮教紛起響應。白蓮教支派不一，各以紅、黃、白、青布作為頭巾、衣褂、旗號，有紅號、黃號、白號、青號之別，官方稱曰「號匪」。此外尚有齋教、燈花教、太平教。就中以紅號、黃號、白號為大，分佈於黔東及黔東北十餘縣，與苗聯合後，蔓延及於全省，合計約三十萬人。一八六〇年，石達開部的一支，自廣西進入黔南，與苗教逼攻貴陽。清命湘軍赴援，苗教聞兵至，四散伏匿，兵過復行嘯聚。太平軍平定後，北京從曾國藩之議，命湖南巡撫統籌黔事，由在四川的湘軍策應。一八六七年，西路湘軍平定貴州西北，一八六八年，東路湘軍攻破教黨的根據地荊竹園（屬石阡）。一八六九年，苗軍大敗東路湘軍，惟以久戰無糧，勢漸窮蹙。一八七〇至一八七一年，湘軍屢勝。一八七二年五月，苗教的根據地台拱、凱里失陷，張秀眉被俘，降者十餘萬，被殺者二萬餘，全黔底定。苗民存者僅十之二，各地城廓田廬亦多變為廢墟，苗人精壯殆盡，漢人亦流離失所，死亡幾半。
二、雲南的回、漢反滿軍
雲南變亂的原因，與貴州略同，在貴州是漢、苗不和，在雲南是漢、回仇視。回民有信仰、有組織，文化程度高，民族意識強，與漢人雜處，風俗各異，利害衝突，相互輕侮忌恨，會黨復從中播弄。回民勢眾心齊，有清真寺公費，緩急相通；漢人亦團練自衛，各出「保家錢」、「買命錢」。法令規定回民有犯，加等科罪，牧令每遇漢、回相爭，往往偏袒漢人，回民不得其平，逕行尋仇報復。一八四五年，滇西永昌（保山）漢回爭地互鬥，官軍助漢攻回，回民死者四千餘。他處回民繼起，燒殺漢人家室，歷久不平。一八四七年，林則徐任雲貴總督，剿辦回亂，懲處滋事漢人，命雙方具結互保，此後七八年間，相安無事。
雲南回教徒中最具聲望的為大理掌教馬德新，曾赴麥加朝聖，遊君士坦丁堡。洪秀全假基督教自立王朝，他何嘗不可以回教作號召？杜文秀、馬如龍（獻）均入其門。杜文秀為保山秀才，頗有才略，永昌變起，親至北京上控，聞見益廣，遂生輕視清室之心。馬如龍為臨安武生，勇狠好鬥。一八五四年，亂事擴大，回民抗官兵，漢人殺回民。馬德新嗾使回眾，包圍昆明，城內回民數千被屠。雲南西部之亂，繼之而起，一為李文學領導的夷人、漢人，據有彌渡，以「剷除滿清贓官，殺絕漢家莊主」，田畝悉歸庶民，不別夷、漢為口號。一為杜文秀領導的回民，是年九月，奪佔大理，蓄髪易服，建號「平南」，稱總統兵馬大元帥。他知道漢眾回寡，欲成大事必須聯合漢人，亦要結好夷人。承認「三教（回、漢、夷）各有根本，各行其是，既同營幹事，均宜一視同仁」，相助相安。「春秋祀孔子，錢帛濟貧民，委鎮地方，回、漢同任，招待賓客，回、漢同席。」所屬官職，漢人居其大半，漢兵十之七八，回兵十之二三。設學校，給耕牛，興修建，建行店，以安士、農、工、商。他說他之舉兵「純為滿人奪我中夏，傷我同胞，滅我回族」，「但得回、漢同心，以雪國恥。……始則除滿，次則樹漢，三則除奸」。除了宗教信仰與太平軍不同，反滿的立場是一致的。
由於地理的關係，初期杜文秀的重要性原不及馬如龍。馬如龍的勢力距昆明不遠，可以直接威脅省城。一八五七年，昆明二次被圍，數月不解，總督恒春自縊，人民餓死數萬。清廷改取安撫政策，授馬德新以管理雲南清真寺事務之權，回眾陸續退散。一八五九年官軍西征，杜文秀力不能拒。翌年，馬如龍又攻昆明，西征軍腹背受敵。馬如龍與杜文秀曾有協議，如杜先有省城，馬聽杜號令，如馬先有省城，杜聽馬號令，鹽課均分。馬屢攻省城，杜未相助，反獨佔鹽課之利，馬遂起不平，杜亦對馬生忌。馬餉糈不足，練勇更是他的勁敵，既不能佔領昆明，成功可能殊鮮。一八六二年，馬受雲南巡撫的招撫，此為滇亂的重大轉變。從中運用的為岑毓英。
岑毓英原為廣西西林土司，一八五六年，募勇來滇，歷任知縣、知府，馬如龍投降後，岑一躍而代理雲南布政使。馬德新希望取得平南王的封號未成，一八六三年春，召東路回首馬榮，襲據昆明，殺總督潘鐸。岑聯合馬如龍，驅逐馬榮，從此馬德新漸無能為。馬如龍屢勸杜文秀歸順，杜以勢成騎虎，自信縱不能大成，亦可偏安小就。一八六七年，杜乘岑毓英駐軍遠東，大舉東進，昆明附近城池盡為所有。如以雲南情勢而論，十分危殆，但就全局來看，官軍已漸入佳境。中原捻亂已近尾聲，北京以湘謀黔，以川謀滇。一八六八年，授平定黔西的湘軍統帥劉嶽昭為雲貴總督，岑為雲南巡撫。岑回援省城，劉為固後方，各省協餉續至。岑再施其分化政策，說杜的大將漢人李芳園來歸，杜軍大敗，省城四圍肅清。
雲南地鄰越南、緬甸，勢力已進入越、緬的法、英謀乘機擴張利權。久在雲南傳教的法國高司鐸（P.Fenouil）代岑毓英、馬如龍製作彈藥，來自上海的法國軍火商涂普義（Jean
Dupuis）為他們購運軍火，設廠造炮，並有法國武官為他們練兵。英人司萊登（Edward B.Sladen）亦自緬來騰越貿易。杜在緬甸開設商號，所以杜軍亦有洋槍，惟不及岑、馬的精利。收復昆明附近諸城後，再度西征，大理勢危。一八七一年，杜遣使前往倫敦，乞援納貢稱臣，但無所成。一八七二年十二月，岑毓英攻下大理，杜文秀自盡，降回三萬餘人被殺，李文學亦兵敗被擒。次年，岑部克騰越，雲南亂平，前後十八年。
三、陝甘回與馬化龍
陝甘為漢、回雜處的另一地區。一八六二年，太平軍進入陝西，關中回勇潰散滋擾，與漢人互相焚殺，渭河南北數百里咸為焦土，西路及甘肅回紛起響應。清命多隆阿與勝保分由皖、豫赴援，勝保一再失利，革職治罪。翌年，多隆阿先肅清東路，解西安之圍，續肅清西路，屠殺極酷，回眾退甘肅【註：一八六四年，多隆阿進攻來自四川的藍大順於盩厔，受傷而死】。
甘回有新教、老教之別，互爭不已，官府左袒老教。馬化龍為新教首領，與滇回相通。一八六一年，亂事初起於西寧，以馬桂源為首。翌年陝亂大作，馬化龍舉兵於寧夏金積堡，控有隴北、隴東，稱「總統隴郡兩河（黃河、湟水）等處地方軍機事務大總戎」。繼起的為據有河州的馬占鰲，佔有肅州的有馬文祿，甘肅全省僅存蘭州、秦州、鞏昌三府。滇亂為回、漢聯合，甘亂為回、漢仇殺。甘肅地本乏糧，加之耕耘廢時，回騎剽疾，出沒隴東，西來官軍糧運時為所阻，統將又多貪蝕。屢為回敗，譁潰相繼。清廷不得已，授湘軍將領楊岳斌為陝甘總督。楊原統水師，用違所長，一籌莫展。一八六六至一八六七年，蘭州兵變，同時捻眾西來，陝回再起，以白彥虎等為著，與馬化龍相結。甘肅土寇董福祥聲勢亦大，蹂躪陝北，關、隴全境幾乎不保。於是以左宗棠代楊岳斌。
左的戰略為「剿捻宜急，剿回宜緩。欲清西陲，必先清腹地，然後官軍無後顧之憂，餉道免中梗之患」。一八六八年，左自陝回師，追擊西捻。及西捻蕩平，重返西安。西北用兵最感困難的為無法就地取給。左原擬「且防且剿，且戰且耕」。事實上不易做到，仍賴東南、華中諸省協濟。復向上海洋商兩次借款三百四十萬兩，由海關擔保攤還，用以購置洋槍【註：主持人為胡光墉】。左先靖陝北土寇，降董福祥，繼破隴東陝回【註：湘軍中多哥老會黨，關中甫平，左軍因哥老會的煽動，相繼在陝、甘之交譁變】。
一八六九年秋，左軍進攻金積堡。金積堡形勢險要，周圍堡寨四百餘座，北經蒙古，交通俄人，輸入洋貨、槍砲。回眾拼死力戰，左軍屢攻不下，大將劉松山陣亡。一八七一年一月，馬化龍糧盡，請降，被凌遲處死，甘回瓦解。一八七二及一八七三年河州及西寧回降。一八七三年，左收復肅州，屠回民七千餘，甘境肅清。此為左宗棠西征的第一階段，第二階段為進軍新疆。
四、阿古柏並據新疆
清朝對新疆的措施，天山南路不同於北路。北路本為蒙古游牧之區，征服準噶爾後，各地設官駐兵，實行軍屯，招兵承墾，開置郡縣，分立義塾學校，漸與內地無殊。南路為回民居住之區，城市佈列，人口較密，文化俗尚，自成一格。回部平後，戍卒商民概不得攜眷，有賈販而無耕戶，有武員而無文吏，仍沿舊制，置柏克（Beg）以治轄境人民，惟不得世襲。對於回民信仰風俗，採放任政策，柏克判斷詞訟，一依其教規，不從國家法令。漢人赴回疆者須持有護照，寓居漢城，使回、漢隔離。表面上回民似享特殊待遇，實際則不能與蒙、藏並論。回教的和卓（Khodia聖裔），既無西藏喇嘛的崇高地位權利，亦不能與蒙古的王公相比。滿、蒙互為嫁娶，蒙人之居軍政要津高位者，指不勝數，回人無此幸運。加之官兵貪橫，益使憤怨。同種同教的中亞汗國，從而構煽，乾隆年間的大小和卓後裔伺機而動，無時不思恢復其故有權位。
陝、甘變作，新疆孤懸塞外，接濟不至，東干回（陝甘之漢、回）西來鼓誘，大亂隨之爆發。初期以一八六四年起於庫車的纏回布格聶丁（Burghanuddin，即黃和卓）之勢力為大，西並阿克蘇、烏什，東有喀喇沙爾（焉耆），稱東土耳其斯坦王。同年喀什噶爾、葉爾羌、和闐回繼為亂，此為南路的大勢。北路的東干回以烏魯木齊（迪化）為中心，其首領妥明，與馬化龍相通。庫車亂起，烏魯木齊官軍赴援挫敗，妥明乘機舉事，屠殺官民二萬餘人，東西各城先後為其所有，號清真主。伊犁應之。一八六六年諸城悉陷，將軍以下死者數萬。塔爾巴哈台於同年失陷，東部的哈密旋失旋得，全疆未陷者巴里坤（鎮西）一城而已。
舉兵於喀什噶爾的為金相印、思的克（Sadic Beg），以攻城不下，乞援於中亞的浩罕。時浩罕王數敗於俄人，無力以大軍為助，命阿古柏（Yakub
Beg）奉張格爾（Jehangir）之子布什爾克（Buzurg
Khan）前往。張格爾為回疆大和卓之孫，道光年間曾據南路，兵敗被俘，但威勢仍在。一八六五年一月，阿古柏至自安集延（Andizhan），沿途應者頗眾，一舉而佔有喀什噶爾，東敗黃和卓，眾約一萬五千人。翌年，兼併葉爾羌。一八六八年，阿古柏廢布什爾克，自稱回疆國王、幸運汗（Batautet
Khan），成了東方回教徒的英雄。其後續有和闐、阿克蘇、庫車、喀喇沙爾各城，與北路的妥明分有新疆。一八七〇年，妥明來攻失敗，吐魯番亦為阿古柏所有，妥明投降，阿古柏控有天山南北。前應妥明之約自陝、甘西來的白彥虎，亦歸阿古柏。
阿古柏在新疆擴張之時，正為俄國積極經略中亞之時。阿古柏與俄國均不願多方樹敵，一八六六年雙方成立諒解，互不相犯。一八六八年，俄軍破布哈爾及基窪聯軍，滅布哈爾，命阿古柏稱臣。阿古柏素惡俄人，曾參與中亞回教汗國的抗俄戰爭，一度受傷，這時他的祖國浩罕又受到俄國威脅，拒絕了此一要求，轉與英國通好。印度的英人得總督支持，前來喀什噶爾，贈以軍火。是後四年，彼此使節往來不斷。阿古柏亦曾派人赴俄交涉，未得要領，所以仍留妥明於北路，以作對俄緩衝。一八七一年七月，俄軍佔有伊犁以制阿古柏。次年六月，阿古柏被迫與塔什干總督闊幅曼（Von Kaufman）訂約，許俄人通商新疆，俄國承認阿古柏為東土耳其斯坦首領。
阿古柏對於俄人的商務活動，多方阻撓，同時廣結與國。一八七三年遣使土耳其，奉為上國，接受東土耳其斯坦愛密爾（Amir，即聖裔）的封號。一八七四年二月，復與印度總督的代表福錫特（TD
Forsyth）訂約，允英國通商，派設使領，英國承認他為喀什噶爾及葉爾羌地區的愛密爾，亦即只承認他是天山南路西部的統治者，而不及東部與天山北路，以免刺激俄國。英國對新疆的貿易頗為興旺，俄國受到打擊，準備武力對付。唯一以一八七五年浩罕戰爭發生，不得不先其所急；二以阿古柏與英國交密，勢須出以慎重；三以左宗棠已動員西征，不妨暫觀其變，相機而行。
五、左宗棠的遠征
關、隴戡定之前，清廷無力顧及新疆，及肅州克復，左宗棠即奏籌出關，詔命各軍西進。適日本侵犯台灣，東南吃緊，李鴻章時任直隸總督，當外交之衝，認為日本為中國大患，主張暫停西征，節調以備海防。李係就經濟時勢立論，謂平時新疆年需兵費三百餘萬兩，縱令收復，徒增今後漏卮，殊為不值。況新疆界於英、俄及各回國之間，斷難久守，阿古柏與英、俄相結，皆不願中國得志。目前兵力財力，萬不能及此，且慮別生他變。惟有嚴守現有邊界，招撫新疆回首，准其自為部落，略奉中國正朔。「新疆不復，與中國之元氣無傷，海疆不防，則腹心之大患愈棘。」左宗棠另有所見，謂目前海防並不急於塞防，停兵不進，劃地而守，不惟兵餉不能裁減，無益海防，反同自撤藩籬。中樞大臣文祥深贊其議，遂於一八七五年五月，命左以欽差大臣督辦新疆軍務。左於新疆久有認識，屢言他之所以以六十有五之年，毅然負起此一艱鉅之任，實為國防前途計。「中國盛世，無不奄有西北，及其衰也，先捐西北，以保東南，國勢浸弱，以底滅亡。」「重新疆所以保蒙古，保蒙古所以衛京師。」「俄人擴境日廣，由西而東萬餘里，與我北境相連，僅中段有蒙部為之遮閡。徒薪宜遠，曲突宜先，尤不可不預為綢繆」，「欲杜俄人狡謀，必先定回部」。
左宗棠之經營陝、甘，全恃東南各省的接濟，得之於上海、廣州海關者尤多，但不能如數解撥，積欠達二千七百餘萬兩。現在遠征天山，需費孔急，上諭命每年協調五百餘萬兩，而實解不足三百萬兩。一八七七年，左宗棠請續借洋款一千萬兩，李鴻章與兩江總督沈葆楨均不謂然，結果僅得半數，另由戶部於庫存關稅項下提拔二百萬兩。翌年，又借三百五十萬兩，一八八一年再借四百萬兩，共計一千二百五十萬兩，均由海關擔保。甘肅產糧無多，無力供應大軍，哈密屯田所得有限，且緩不濟急，不得不分地採購。一為河西；二為口北，即歸化、包頭、寧夏；三為關外，即新疆東部；四為俄國，實際來自伊犁。河西之糧由官民分運，逐段接遞；關內用騾車、馱驢；關外用駱駝，兵卒並隨帶生薯，既可止飢，又可解渴。口北之糧由商人負責，全用駱駝。道路關係運輸、行軍極大，左初至陝西，即修築海關至西安一段，然後接至蘭州，以迄玉門，沿途栽植楊柳。玉門以西，工程最為艱難。兵力編配，尤費苦心。因為道遠運艱，不能用眾，必須汰弱留強，以傭軍為主，轉以豫軍、皖軍、甘軍、蜀軍，共約七萬，一部分使用西洋軍火，俱於上海採購，大都來自德商泰來洋行（Telge and Co.），借款亦與該洋行有關。復以玉門以西，水草奇缺，只好分批行軍。凡此均可見用兵新疆之不易。
更棘手的為國際的牽制。英人力圖與阿古柏結好，冀使回疆變為印度的外圍，不願中國的勢力重行進入。一八七六年，英使威妥瑪恫嚇李鴻章及總理衙門，謂阿古柏「雄桀能軍，與俄人狼狽一氣，左軍殊難制勝」，最好認為藩屬。左堅決反對。北路收復後，英外相又屢與中國駐英使臣郭嵩燾相商，主回疆別立一國，尊中國為上國，左仍執不可。當左軍順利推進之時，上海英國報紙反捏造挫敗的新聞。俄人初欲假手左軍，直接打擊阿古柏，間接打擊英國，消耗中國的力量，使兩敗俱傷。左軍動員之初，俄國軍官曾至蘭州，對左佯示友好，謂一俟中國收回北路，即交還伊犁，並願代置辦糧食。及阿古柏戰敗，俄人反濟以軍火，不再以糧食轉售左軍。左的勝利似出乎俄人預料之外，此後不惜多方與中國為難。
一八七六年四月，左的大營自蘭州移設肅州。他的戰略為「緩進速戰」，先事充分準備，再相機猛攻。阿古柏利用陝回白彥虎與妥明舊部守北部，而以主力守南路。八月，左軍大破白彥虎，乘勝收復烏魯木齊。阿古柏集重兵二萬餘於吐魯番，翌年，復敗。五月，阿古柏死，回眾內訌，已成崩潰之勢。阿古柏之子伯克呼裡（Beg Kuli Beg）西走喀什噶爾，左軍連復南路各城，十二月，克喀什噶爾，伯克呼裡、白彥虎遁入俄境。左遂收復了淪沒十三年的新疆。
左之得以順利的成功，一以阿古柏雖稱善戰，兵力財力終屬不足，本地回（纏回，即維吾爾回）不堪阿古柏的搜括，復與東干回不和，人心思漢。二以他未能獲得切實的外援，英國為地理所限，又顧慮俄國，僅給以有限度的外交與物資支持。俄國欲坐收漁利，雖曾助以軍火，但阿古柏敗局已成，俄國牽於中亞及土耳其之戰，不欲再捲入新疆之事，以免引起與中國之爭。三以左宗棠意志果決，計劃周密，清廷全力支持，湘軍主將劉錦棠又善於用眾，卒能使生長於魚米之鄉的湖湘子弟揚威於風沙漫天、冰雪載地、石田千里的西域。